Flintoft L: Transcriptomics: digging deep with RNA-seq. Nat Rev Genet. 2008; 9(8): 568. Publisher Full TextFlintoft L (2008) Transcriptomics: digging deep with RNA-seq. Nature Reviews Genetics 9: 568- 568.Flintoft L: Transcriptomics: digging deep with RNA-seq. Nature Reviews Genetics. ...
作者构建的DeepM6ASeq可以获取位置权重矩阵,从而转换成序列的motif,下图展示了部分motif结果。在阈值设置为0.05时,18,21,15个预测的motif分别对应到人类,鼠,斑马鱼已知motif。在这些识别到的motif中,Rbmx(即HNRNPG)是人和鼠中已知的m6A reader(能够识别m6A的蛋白质)。有趣的是,FMR1是人类中最近发现的m6A reader, De...
因此作者提出了DARTS,如下图所示:DARTS由两个成份组成,DNN(Deep neural network)基于外显子特异性的序列特征以及样本特异性的调控特征预测两个条件是不是差异可变剪切;BHT(Bayesian hypothesis testing)统计模型通过整合特定RNA-Seq数据的经验证据(由DNN预测得来)与可变剪切的先验概率推断差异可变剪切; 在训练的时候,首先...
A major limitation of RNA sequencing (RNA-seq) analysis of alternative splicing is its reliance on high sequencing coverage. We report DARTS (), a computational framework that integrates deep-learning-based predictions with empirical RNA-seq evidence to infer differential alternative splicing between ...
使用改进的变分自编码分析单细胞RNA数据,预估对应的基因表达水平和细胞的隐式表达 motivation:目前大多的计算框架流程复杂,需要专业分析,而且大多不基于原始raw count数据,生成式模型会更加适合RNA-seq数据生物信息遇上Deep learning(13): scVAE: Variational auto-encoders for single-cell gene expression data 背景 这...
DeepCCI是一种基于图卷积网络(GCN)的深度学习框架,用于从scRNA-seq数据中鉴定CCIs。为了从scRNA-seq数据中一站式探索细胞之间的相互作用,DeepCCI提供了两个深度学习模型:(i)用于细胞聚类的基于GCN的无监督模型,以及(ii)用于CCI识别的基于GCN的监督模型。DeepCCI通过利用scRNA-Seq数据中异质性细胞的潜在复杂基因表达...
RNA-seq转录组分析:比较OE或突变体与野生型的差异表达基因(DEGs),富集分析确定调控通路。 ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序):利用抗目标转录因子抗体富集其结合的DNA片段,鉴定直接靶基因。 酵母单杂交(Y1H):验证转录因子与靶基因启动子的直接结合。 转录激活/抑制活性验证 ...
(a) RNA-seq of CD4+ memory T cells at different read depths. Deeper sequencing increases the fraction of total mass in the low-expression region of the log2(FPKM) distribution. (b) The Gaussian fit captures the read depth-induced variation in expression distributions. For gene expression ...
科学研究院精准健康研究所智能算法团队在知名学术杂志《遗传学前沿》(Frontiers in Genetics)在线发表了题为“deepMNN: Deep Learning-Based Single-Cell RNA Sequencing Data Batch Correction Using Mutual Nearest Neighbors”的研究论文,文章提出了一种新的基于深度学习模型进行单细胞RNA测序数据(scRNA-seq)批次效应校正...
RNA修饰是近几年一个热点,其中m6A 是一种普遍并且丰富的RNA修饰。在人类,老鼠和酵母中都有m6A的存在。检测m6A的实验方法主要是m6A-Seq 和MeRIP-Seq,但是这两种方法的分辨率低,新的技术miCLIP-Seq分辨率能够达到单碱基。今天介绍的DeepM6ASeq工具(https://github.com/rreybeyb/DeepM6ASeq)就是基于miCLIP-Seq实验数...