在分析过程中,高通量测序技术能测量细胞中基因的转录水平,并发现哪些基因是活跃的。 2. RNA-seq的主要步骤 2.1 准备RNA测序文库(基于illumina protocol介绍) 具体而言,建库又分以下步骤: Step 1: 提取待测样本的RNA Step 2: 将RNA打断成小的片段。 RNA的长度有数千个碱基,而测序仪的...
尽管Illumina 是目前主流的 RNA-seq 平台,但 Pacific Biosciences(PacBio)和 Oxford Nanopore(ONT)能在完整的 RNA 分子反转录为 cDNA 后 进行单分子长读长测序。 全长转录组(Iso-Seq)是指利用三代单分子实时测序技术(SMRT),无需对RNA 进行打断和拼接,即可直接获得完整的全长转录本。由于该方法可以获得全长转录...
Illumina测序原理是基于NGS(下一代测序技术),也被称为第二代测序技术。这种技术相比第一代测序技术具有更高的测序通量。 具体到RNA-Seq(转录组测序),其测序原理如下: 1.样本准备:首先,需要从研究样本中提取总RNA。 2.建库:将RNA样本进行反转录,生成cDNA。然后,通过PCR扩增,将cDNA片段固定在测序芯片上。 3.测序...
该系统与 Illumina 以及第三方的一系列文库制备试剂盒兼容,可实现群体细胞 RNA-Seq、单细胞RNA-Seq、外显子组测序及其他应用之间的轻松转换。例如,研究人员可在NextSeq 1000/2000 系列测序系统上将 RNA-Seq 与外显子组测序结合在一起,评估编码变异是否影响转录本表达,或开展ATAC-Seq‡ 分析染色质可及性,更好地...
RNA-Seq 数据分析可以使用Illumina DRAGEN 二级分析中的工具进行,这是一套准确、全面、高效的数据分析流程。§Illumina DRAGEN RNA 流程从 NextSeq 2000/2000-CN 测序系统获得数据输出,可以开展与参考基因组的准确 RNA 比对、基因的变异检出和定量,以及...
RNA-Seq分三个主要的步骤: 准备一个测序文库 测序 数据分析 1.准备一个测序文库 注意:我使用Illumina协议(protocol)和测序仪(sequencer)作为我的例子,因为他们是常用的,但记住,有其他协议和测序仪是不同的。 第一步:分离RNA 第二步:将RNA打断成小片段 ...
尽管Illumina是目前主流的RNA-seq平台,但Pacific Biosciences(PacBio)和Oxford Nanopore(ONT)能在完整的RNA分子反转录为cDNA后进行单分子长读长测序。因为消除了short RNA-seq reads需要的组装步骤,可以解决short reads测序相关的一些问题。例如:序列比对的模糊性降低,可以鉴定更长的转录本,这些有助于更好地检测转录异构...
--illumina:表示illumina接头 --fastqc:去完接头后进行fastqc质控 --paired:表示双端测序 -o:表示输出结果目录 输出结果: 生成的_val_fastq.gz文件是原始文件去完接头后得到的文件。通过网页打开质控文件,看看是否去接头成功。 3:比对 3.1.参考基因 小鼠/home/wanghongli/mm10/mm10 ...
产品简介 TIANSeq Stranded RNA-Seq Kit (Illumina) 是针对 Illumina 高通量测序平台开发的链特异性转录组文库构建专用试剂盒。本试剂盒采用快速一管式的操作流程,可对 RNA 样本进行快速文库构建,在双链 cDNA 合成
我是五百君,今天给大家分享一些入门RNA-seq的心得。 公司用illumina测序对建好库的RNA样品进行测序后,会得到一堆后缀为fastq.gz的Rawdata。然后在经过公司或者实验室人员将Rawdata进行比对后,得到了表达矩阵的数据。那么怎么对这几万个基因进行分析呢?有什么策略可以看到你想看到的东西呢?