这样可以稳定RNA与蛋白质的结合,从而允许使用之前会破坏RNA-蛋白互作的更严格的富集操作,减少背景信号。随后,CLIP protocol已成为许多方法开发的基础。单核苷酸分辨率CLIP(iCLIP)将UMI纳入文库制备中以去除PCR重复。同时它还利用交联核苷酸上cDNA合成过程中普遍存在的未成熟终止的优势,通过截断的cDNA扩增获得单核苷酸分辨率的...
随后,CLIP protocol已成为许多方法开发的基础。单核苷酸分辨率CLIP(iCLIP)将UMI纳入文库制备中以去除PCR重复。同时它还利用交联核苷酸上cDNA合成过程中普遍存在的未成熟终止的优势,通过截断的cDNA扩增获得单核苷酸分辨率的交联位点的定量检测图谱。PAR-CLIP(Photoactivatable- ribonucleoside-enhanced CLIP)通过使用4 sU和356-...
两种建库方法对应两种测序方法: 非链特异性测序方法(non-stranded RNA-seq protocol):得到的reads没有方向性,无法判断reads是属于Gene A还是属于Gene B (Antisense RNA)的。 链特异性测序方法(stranded RNA-seq protocol):得到的reads具有方向,可以根据reads方向判断reads是属于Gene A还是属于Gene B。 非链特异性测序...
这样可以稳定RNA与蛋白质的结合,从而允许使用之前会破坏RNA-蛋白互作的更严格的富集操作,减少背景信号。随后,CLIP protocol已成为许多方法开发的基础。单核苷酸分辨率CLIP(iCLIP)将UMI纳入文库制备中以去除PCR重复。同时它还利用交联核苷酸上cDNA合成过程中普遍存在的未成熟终止的优势,通过截断的cDNA扩增获得单核苷酸分辨率的...
随后,CLIP protocol已成为许多方法开发的基础。**单核苷酸分辨率CLIP(iCLIP)**将UMI纳入文库制备中以去除PCR重复。同时它还利用交联核苷酸上cDNA合成过程中普遍存在的未成熟终止的优势,通过截断的cDNA扩增获得单核苷酸分辨率的交联位点的定量检测图谱。PAR-CLIP(Photoactivatable- ribonucleoside-enhanced CLIP)通过使用4 sU...
随后,CLIP protocol已成为许多方法开发的基础。单核苷酸分辨率CLIP(iCLIP)将UMI纳入文库制备中以去除PCR重复。同时它还利用交联核苷酸上cDNA合成过程中普遍存在的未成熟终止的优势,通过截断的cDNA扩增获得单核苷酸分辨率的交联位点的定量检测图谱。PAR-CLIP(Photoactivatable- ribonucleoside-enhanced CLIP)通过使用4 sU和356-...
随后,CLIP protocol已成为许多方法开发的基础。单核苷酸分辨率CLIP(iCLIP)将UMI纳入文库制备中以去除PCR重复。同时它还利用交联核苷酸上cDNA合成过程中普遍存在的未成熟终止的优势,通过截断的cDNA扩增获得单核苷酸分辨率的交联位点的定量检测图谱。PAR-CLIP(Photoactivatable- ribonucleoside-enhanced CLIP)通过使用4 sU和356-...
RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,...
protocol首先从原始RAN-seq数据入手,先经过质控fastqc,之后检测rRNA占比,去除杂的reads之后进行数据处理;使用HISAT2将读段匹配到参考基因组上,可提供注释文件;StringTie进行转录本组装,估算每个基因及isoform的表达水平;所有的转录本merge的数据再一次被呈递给StringTie,重新估算转录本的丰度,提供转录本reads数量的数据给下...
大规模scRNA-seq数据集可以在不同的时间由不同的操作人员单独生成,也可以在多个实验室使用不同的细胞分离protocol、文库制备方法和或测序平台生成。 这些因素会引入系统错误,混淆技术和生物变异,导致一个批次的基因表达谱与另一个批次的基因表达谱存在系统差异(Leek et al., 2010;(Hicks et al., 2018)。