打开Cytoscape软件,File-->Import -->Network-->file, 然后选择对应的TSV格式的文件,对PPI图进一步美化 依次点击Tools-->NetworkAnalyzer-->Network Analysis-->Generate style from statistics 在弹窗中操作:在Cytoscape软件中Node的大小和渐变颜色由Degree来调整,Edge的粗细和渐变颜色由combined_score来调整。 点击“Ap...
WGCNA (weighted gene co-expression network analysis)权重基因共表达网络分析(流程模块见下图),可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联,常用于筛选关键表型的hub基因 ,是RNAseq分析中的一块很重要的拼图。而之所以叫组学数据黏合剂是因为表型可以是患者的临床信息(生存信息,分期信息,基线...
1.1 定义 WGCNA(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis ),即加权基因共表达网络分析,用于寻找高度相关的基因构成的基因模块module,利用模块特征基因eigengene(模块内第一主成分)或模块内的关键基因Hub gene来总结这些模块,将模块与样本性状进行关联。 1.2 其他关键术语 关键术语(Connectivity、Adjacency matrix、TOM...
WGCNA (weighted gene co-expression network analysis)权重基因共表达网络分析(流程模块见下图),可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联,常用于筛选关键表型的hub基因 ,是RNAseq分析中的一块很重要的拼图。而之所以叫组学数据黏合剂是因为表型可以是患者的临床信息(生存信息,分期信息,基线...
WGCNA (weighted gene co-expression network analysis)权重基因共表达网络分析(流程模块见下图),可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联,常用于筛选关键表型的hub基因 ,是RNAseq分析中的一块很重要的拼图。而之所以叫组学数据黏合剂是因为表型可以是患者的临床信息(生存信息,分期信息,基线...
好久没有学习RNAseq的东西了,今天随意翻到一篇很不错的总结,这里了只是我的学习笔记,原文会更好一些:https://mp.weixin.qq.com/s/u_ZC7wsClEIa43as_klLpg 1. 基因共表达网络分析 (Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA) 基因共表达网络是基于基因间表达数据的相似性而构建的网络图,图中的节点...
WGCNA(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis ),即加权基因共表达网络分析,用于寻找高度相关的基因构成的基因模块module,利用模块特征基因eigengene(模块内第一主成分)或模块内的关键基因Hub gene来总结这些模块,将模块与样本性状进行关联。 1.2 其他关键术语 ...
图五:表中这些分子是用IPA 因果网络分析causal network analysis功能做出来的最具影响力的调节因子。IPA的因果网络分析能够帮助研究者发现新的基因,RNA,蛋白质。这些的因子的表达值也许能挖掘出数据集中新的调节因子和下游分子间的联系。 图六:举例了一个由IPA的因果网络分析推断出来的因子的相关分析,比如HOXB4,这个...
RNA-seq高级分析,你知道哪些,赶紧随着小编去学习吧。 1. 基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA) 基因共表达网络是基于基因间表达数据的相似性而构建的网络图,图中的节点代表基因,具有相似表达谱的基因被连接起来形成网络。通过构建基因共表达网络,可以深入探讨基因间的相互作用关系并...
基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) 时序分析 基因融合分析 RNA编辑分析 蛋白互作网络分析(Protein interaction network analysis, PINA) 代谢途径可视化分析 8.RNA-seq结果图片如何解读? 测序项目完成,我们会获得大量的数据,包括有很多图片在内。当然,对于...