2016年1月26日,国际知名学术期刊Genome Biology发表了题为“A survey of best practices for RNA-seq data analysis”的综述文章,总结了RNA-seq数据分析中的所有主要步骤,并对转录组学新技术的前景进行了展望。 Abstract RNA测序技术(RNA-seq)具有广泛的应用,但并非所有情况下都可以使用单一的分析流程。本文回顾了RN...
一般测序在初步生成fastq文件时候,adapter会被去除,但是有的会没有去除或者遗漏部分adapter。所以这一步是检测RNA-seq测序过程中adapter是否去除。如果没有去除会严重影响后续的比对工作。没有去除的adapter在质量处理环节会被处理掉。 2. multiqc质量报告 multiqc可以对几个fastqc报告文件进行总结并汇总到一个报告文件中,...
五月份看了一篇2016年的RNA-Seq文献综述,那篇文献特别长,花了三四天时间才看完。当时为了做组会文献报告做了一些许总结,以ppt的形式呈现出来。 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读报告! A survey of best practices for RNA-seq data analysis ,我把它叫做RNA-seq数据分析指南。...
rna-seq数据分析基本流程rna-seq数据分析基本流程 英文版 RNA-Seq Data Analysis: A Basic Workflow RNA-Sequencing (RNA-Seq) has revolutionized the field of genomics, providing unprecedented insights into gene expression patterns. The basic workflow for RNA-Seq data analysis involves several crucial steps...
这一结果得到了单通道Illumina GA测序结果的实验验证。但是,伯松分布分析结果常常在多组重复的样品间带来较高的假阳性,因为它低估了生物取样的样品间误差。所以RNA-seq如何设置重复是一个很重要的问题。为了平衡重复样品所带来的误差,人们使用了serial analysis of gene expression (SAGE) data。
A survey of best practices for RNA-seq data analysis ,我把它叫做RNA-seq数据分析指南。这篇文章是由佛罗里达大学等单位的研究人员在1月26日发表在Genome Biology上的,该期刊的影响因子有10.8分。这是这篇文章的通讯作者,应该挺靠谱的。 新一代测序技术在爆炸式发展的同时,也衍生出许多其他技术创新。RNA-Seq就...
A survey of best practices for RNA-seq data analysis 摘要: 没有任何一个RNA-seq分析流程可适用于所有的转录组分析。讨论RNA-seq分析流程主要步骤:实验设计,质控,比对,基因水平和转录组水平定量,可视化,基因差异表达,可变剪接,功能分析,融合基因检测,eQTL (expression quantification trait loci,表达数量性状位点)。
RNA-Seq数据,在这里指的是基于NGS测序技术,在转录组水平对样本中基因表达进行定量,得到的counts数据,比如HTseq,hisat2,RSEM等上游定量分析软件得到的counts矩阵。 得到样本基因表达数据后,我们通常会对不同样本分组,然后进行差异表达分析,将基因表达变化与表型联系起来,解释与表型...
A survey of best practices for RNA-seq data analysis ,我把它叫做RNA-seq数据分析指南。这篇文章是由佛罗里达大学等单位的研究人员在1月26日发表在Genome Biology上的,该期刊的影响因子有10.8分。这是这篇文章的通讯作者,应该挺靠谱的。 新一代测序技术在爆炸式发展的同时,也衍生出许多其他技术创新。RNA-Seq就...
菜单栏的Analysis选项卡里面,可以查看network的一些信息,包括nodes、edges、degree、PPI富集分数的P值等,同时也能查看GO和KEGG功能富集信息及其他信息 Clusters选项卡,是将PPI网络进行聚类,点击APPLY。通过聚类后,蛋白通过聚类形成不同颜色的成簇分布的蛋白互作网络图。