kegg_enrich_results<-enrichKEGG(gene=gene_up_entrez,organism="mmu",#物种人类 hsa 小鼠mmu pvalueCutoff=0.05,qvalueCutoff=0.2)kegg_enrich_results<-DOSE::setReadable(kegg_enrich_results,OrgDb="org.Mm.eg.db",keyType='ENTREZID')#ENTREZIDto gene Symbol write.csv(kk_read@result,'KEGG_gene_up_...
用于进行基因富集分析的通路的信息,包含通路名称和组成通路的基因,储存在一些数据库中比如KEGG、GO。我们分别介绍: KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个包含生物系统功能和信息的数据库资源,提供了关于基因组、化学物质、代谢途径、疾病和药物等方面的信息。KEGG数据库涵盖了多个生物学领域,包括基因组学...
承接上期文章:RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较,一下介绍用差异基因进行GO、KEGG富集分析与enrichplot可视化 1. 获取DEG结果的上下调差异基因 载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三种差异分析结果数据,这里示范选取DESeq2的结果数据,进行筛选条件设置后获取上下调基因名 rm(...
KEGG富集分析:寻找那些显著通路的富集情况,了解这些通路的功能。 GO富集分析:基因功能富集分析,包括MF(分子功能)、BP(生物过程)和CC(细胞组分)。这两种富集分析的结果都可以用点图和柱状图来进行可视化。点图的大小表示变化基因的数量,横轴比例表示某功能中发生变化的基因在总基因集中的占比,颜色表示p值,越红置信度...
3. 利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集 有了上一步所得上下调差异基因的entrez ID,我们就可以利用clusterProfiler包的enrichKEGG()和enrichGO()函数进行富集分析了。在这里仅示范对上调基因进行富集,实际应用中可以将上下调和合并的基因都分别进行富集查看结果。需要注意以下事项: ...
二、KEGG富集图的常见呈现形式? 进入CellPress官网后(https://www.cell.com/),我在部分期刊中对近5年基于RNA-seq的KEGG富集图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,最后汇总出下面一张图: 三、为什么要用KEGG富集图(使用KEGG富集图的常见目的)? 我们刚刚看到了KEGG富集分析结果的常见形式,根据这些形式,我们基本可以...
head(kegg) dim(kegg) kegg.df=as.data.frame(kegg) 结果好像只有富集到两条通路上,由于第一次做,不知道对于我的数据来说结果是否正常。 kegg.df 列的意义可参考go分析得到的表格 结果可视化 (1)柱状图、点图 # 画法同前 barplot(kegg) dotplot(kegg) ...
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term...
RNA-Seq分析——KEGG富集分析 入学到现在已经有小半年了,最近正好在做RNA-Seq的分析,记录一下自己的成长轨迹。 以下是我用clusterProfiler对拟南芥的差异表达基因做的kegg富集分析: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 # 载入需要的R包 library(clusterProfiler)...