本节概览:1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot dotplot cnetplot emapplot treeplot heatplot upsetplot 1. 获取DEG结果的上下调差异基因 载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三...
3. 利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集 4. 用enrichplot进行富集结果可视化:pathviewgoplotbarplotdotplotcnetplotemapplottreeplot heatplot upsetplot 承接上期文章:RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较,一下介绍用差异基因进行GO、KEGG富集分析与enrichplot可视化 1. 获取DEG结果的上下...
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RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 RNA-seq入门实战(六):GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略 RNA-seq入门实战(七):GSEA——基因集富集分析 RNA-seq入门实战(八):GSVA——基因集变异分析 RNA-seq入门实战(九):PPI...
3. 利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集 有了上一步所得上下调差异基因的entrez ID,我们就可以利用clusterProfiler包的enrichKEGG()和enrichGO()函数进行富集分析了。在这里仅示范对上调基因进行富集,实际应用中可以将上下调和合并的基因都分别进行富集查看结果。需要注意以下事项: ...
RNA-seq入门实战(六):GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略 嘿嘿嘿嘿哈 中科院在读研究生,努力学习中( • ̀ω•́ )✧ 嘿嘿嘿嘿哈: 本节概览:1. 获取DEG结果的上下调差异基因2. bitr()函数转化基因名为entrez ID3. 利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4. 用enri… ...
GSEA的可视化主要是GSEA结果图、 gsearank plot和ridgeplot山脊图。 同样也可以进行其他可视化如barplot、dotplot、cnetplot等等,详见RNA-seq入门的简单实战(六):GO、KEGG富集分析与超全可视化攻略 或者参阅说明书Chapter 15 Visualization of functional enrichment result | Biomedical Knowledge Mining using GOSemSim and...
GSEA的可视化主要是GSEA结果图、 gsearank plot和ridgeplot山脊图。 同样也可以进行其他可视化如barplot、dotplot、cnetplot等等,详见RNA-seq入门的简单实战(六):GO、KEGG富集分析与超全可视化攻略或者参阅说明书Chapter 15 Visualization of functional enrichment result | Biomedical Knowledge Mining using GOSemSim and...
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