图示解析: 有向无环图(DAG图):GO数据库中,3大独立的ontology(BP、CC、MF)下面又可以独立出不同的亚层次,层层向下构成一个ontologies的树型分支结构,即有向无环图型。 RNA-seq中,对差异表达基因进行GO富集分析,采用topGO软件包实现有向无环图,展示差异基因富集的...
图示解析: 有向无环图(DAG图):GO数据库中,3大独立的ontology(BP、CC、MF)下面又可以独立出不同的亚层次,层层向下构成一个ontologies的树型分支结构,即有向无环图型。 RNA-seq中,对差异表达基因进行GO富集分析,采用topGO软件包实现有向无环图,展示差异基因富集的GO term及其层级关系,从上至下所定义的功能范围...
其中,1095个基因在所有三个突变系中普遍上调(图5A)。对这1095个基因进行GO分析显示,DNA修复、DNA复制和细胞周期负调控等GO terms显著富集(图5B),这与POL2A缺乏引发的组成型复制胁迫和诱导的细胞周期缺陷一致。正如预期的那样,在e2fb-1 pol2a sog1突变体中特异性上调的基因在E2F靶基因中并不富集,这表明它们中的...
首先作者根据GO富集分析黑色素瘤肿瘤细胞的功能特征,并根据功能特征将黑色素瘤肿瘤细胞分为5个主要亚群(Signature1-5)。然后拟时序分析显示,5个肿瘤细胞亚群处于不同的发展状态(Signature2和3的细胞群可能是原始的肿瘤细胞,Signature1、4和5的黑色素瘤细胞处于发展的中期,分化较好)。 接下来,作者还探究了黑色素瘤肿瘤...
首先,提取TaBBM和TaWOX5相关的网络信息,其中包括靶基因以及相关的转录因子;靶基因GO富集用来推测分子机制,相关转录因子根据富集分数筛选出关键因子,发现TaBBM主要和根生长发育相关,TaWOX5主要和RNA加工相关。为了验证转录调控网络信息的正确性,研究团队设计了再生过程中TaWOX5过表达的RNA对比实验,证实TaWOX5的目标基因...
通过伪时间分析鉴定的晚期标志物的GO和KEGG通路富集分析。 图三 a 描述晚期状态的标记物与生物过程的GO项之间关系的弦图; b 晚期标志物的KEGG通路分析。GO,基因本体论;KEGG,京都基因和基因组百科全书 见图四 GSE24080新诊断的多发性骨髓瘤患者 20 基因特征的预后评估 (n = 559)。
第一篇文章是2015年发表在BMC Genomics上的文章,作者对RNA-Seq数据进行了常规的分析,包括对样本测序深度、测序数据质量统计,比对reads在鸡参考基因组上的分布情况,幼鸡和产蛋鸡表达量最多的前十种基因,可变剪接情况,以及GO和KEGG富集情况统计及分析。最终通过RNA-Seq分析,探讨了幼年和产蛋鸡肝脏表达谱的差异情况,分析...
第四部分:对差异基因进行后续的GO和KEGG注释 1 目标 RNA-Seq 模块的目标是说明如何处理和分析 RNA-Seq 数据以识别差异表达基因 (DGE)。 练习中使用真实数据集,来自暴露于两种生长条件的拟南芥的两种基因型的 Illumina RNA 测序。 需要做: 1). 在参考基因组(工具:tophat 和 htseq-count)或参考转录组(工具trini...
scGRO-seq 可以通过直接量化单个细胞中转录的 RNA 聚合酶来估计突发大小和频率,并可以利用复制依赖性非多聚腺苷酸化组蛋白基因转录来阐明细胞周期动力学。在与 GO 项相关的基因启动子和有助于富集 G…