自发表以来,Trimmomatic软件凭借其简单的安装方法、较快的运行速度(支持多线程)、强大的去接头能力(simple和palindrome两种模式)、多元化的低质量数据处理方式、人性化的输出格式(clean reads为一一对应的pair-end形式,无需再次处理)等特点,深受数据处理者喜爱!下面就由小奥带大家一起来学习下Trimmomatic的具体用法。 Trimm...
为保证后续生物信息分析的准确性,首先对原始测序数 据进行过滤,从而得到高质量的测序数据(clean data)。 去除reads中的index+adapter序列;(测序片段组成:adapter+index+插入片段+adapter,会出现文库片段太短导致片段被测通或测序引物的位点仍在index左边,把index也测到) 剪切前去除5’端含有非AGCT的碱基; 修剪测序...
生信--RNA-Seq数据分析 使用的数据,双端测序数据clean data 1 &clean data 2 1、bowtie建库 bowtie2-build genome.fa genome_index (*.fa代表 要建库的文件名字,genome_index代表建库后的名字) 2、将read比对到基因组中 bowtie -q -S -t -p 20 -m 1 --best --strata genome_index input.fastq out...
$ for file in `ls *_R1.fq.gz | perl -lpe 's/_R1.fq.gz//'`; do fastp -i ${file}_R1.fq.gz -I ${file}_R2.fq.gz -o ${file}_R1.clean.fq.gz -O ${file}_R2.clean.fq.gz; done #输入文件夹:rna-seq;输出文件夹:clean_data $for file in `ls ./rna-seq/*_1.fastq....
2周大野生型拟南芥植株样品,CuSO4处理后0、2、24h,2个生物学重复,共6个样品BGISEQ-500 RNA-Seq,SE50,24M clean reads,Clean Data Rate高达99.95%。(BGISEQ-500 RNA-Seq测序数据质量高!) 表1 测序数据统计 (点击图片查看高清原图) CuSO4处理后,2小时后2206个上调,1009个下调基因;24小时后2423个上调,590个下调...
wkd=/home/meiling/baiduyundisk/RNA-seq #设置工作目录 ls $wkd/rawdata/*gz | xargs fastqc -t 2 multiqc ./ 得到结果如下: ├── [4.0K] multiqc_data │ ├── [2.1M] multiqc_data.json │ ├── [6.8K] multiqc_fastqc.txt │ ├── [2.2K] multiqc_general_stats.txt ...
获得过滤后的Clean Data。此时可再次运行一次FastQC软件查看过滤后的数据质量。 PART3 采用Hisat2软件与参考基因组进行比对分析 获得Clean data后,即可与参考基因组进行比对分析,我们采用Hisat2软件(http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml)进行短reads的比对,以人类参考基因组为例。
RNA-seq(转录组学)的分析流程和原理 在开始详细讲解RNA测序之前，我们先来了解一下它的基本步骤：1.建库：提取RNA，富集mRNA或消除rRNA，合成cDNA和构建测序文库。2.测序：然后在高通量平台（通常是Illumina）上进行测序（每个样本测序reads在DNA测序中，读数是对应于单个DNA片段的全部或部分的碱基对（或碱基对概率）...
fastqc -t 6 -O /public/home/lxwang/Znk/rna-seq/refastqc/ /public/home/lxwang/Znk/rna-seq/clean_data/*.fq.gz multiqc /public/home/lxwang/Znk/rna-seq/refastqc/*.zip ###第四步:比对(hisat2) ##首先构建index #需要genome.fa 和 gtf文件 ##在此以水稻参考基因组序列和水稻的gtf文件为例...
mkdir ../cleanDatals *gz|cut -d"_" -f 4 | sort -u | \while read id;do \ nohup trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 \ --stringency 3 --paired -o ../cleanData *${id}*.gz & \ done 因为这里样本量少,就直接 nohup到后台了。 输出结果:...