纯RNA样品异构体鉴定和定量方法的比较 DTE方法的比较:DESeq2、edgeR和limma-voom在测试的五种DTE工具中表现最佳。 对于DTE分析,短读长DTE“金标准”DESeq2、edgeR和limma-voom对长读长数据表现出类似的良好灵敏度和假阳性控制。 计算机模拟数据DTE方法的比较 DTU方法的比较:对于DTU分析,没有一种方法能够在性能和假...
纯RNA样品异构体鉴定和定量方法的比较 DTE方法的比较:DESeq2、edgeR和limma-voom在测试的五种DTE工具中表现最佳。 对于DTE分析,短读长DTE“金标准”DESeq2、edgeR和limma-voom对长读长数据表现出类似的良好灵敏度和假阳性控制。 计算机模拟数据DTE方法的比较 DTU方法的比较:对于DTU分析,没有一种方法能够在性能和假...
文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 最近在NC上发这篇RNAseq工具对比的一篇文献,为咱们小伙伴来分析RNAseq这种应用最为广泛的...
安装好udunits 库了之后,再进行GDCRNATools的安装即可。 使用示例 最近安装完GDCRNATools之后,按照官网上的教程,进行了简单的测试,代码和结果如下: 1)数据下载、整理: library(GDCRNATools)library(DT)project<-'TCGA-CHOL'rnadir<-paste(project,'RNAseq',sep='/')#1) load RNA counts datadata(rnaCounts)rn...
RNA-seq 已是非常成熟且廣為使用的技術,各種分析工具也不斷的被發展、進化與發表。2017 年在 Nature Communications 上發表的文章『Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis』以 short- (illumina) & long-read (PacBio) 對 15 個樣品 (正...
例如,分析基因表达与增强子和/或启动子可及性之间的关系,可能会勾勒出细胞类型特定的基因调控图,最大限度地发挥scRNA-seq数据集的效用。 参考文献 Wu Y, Zhang K. Tools for the analysis of high-dimensional single-cell RNA sequencing data[J]. Nature Reviews Nephrology, 2020, 16(7): 408-421. 图片均...
2024年2月23日nature protocols在线发表了题为rMATS-turbo: an efficient and flexible computational tool for alternative splicing analysis of large-scale RNA-seq data的文章。 摘要 Pre-mRNA的选择性剪接是一种用于增加真核生物转录组和蛋白组多样性的普遍机制。调节的选择性剪接在许多生物过程中发挥作用,而失调...
Analysis of the RNA-seq data RNA-seq数据的实际分析因其应用场景的不同而存在着各种不同的方法。在...
整个RNA-seq数据的可重复性检测来排除批次效应(技术重复系数Spearman R2 > 0.9)。若相同条件下基因表达量有差异则主成分分析(principle component analysis,PCA)应聚在一支。 图2.png 2. 转录本 有参分析时将序列比对到参考基因组或是转录组上获得表达转录本。比对到转录组上会屏蔽新的未注释的转录本,只对已知转...
单细胞RNA测序现在是一个非常热门的技术,有着广泛的应用。当然为这个新技术开发得生物信息学工具也越来越多。OMICtools已经为我们选出了目前最受欢迎的单细胞RNA测序数据分析工具。(值得一提的是,OMICtools是一个非常有用的了解组学分析使用软件的网站,有针对基因组、群体遗传、RNAseq等各种分析的介绍。) ...