2024年2月23日nature protocols在线发表了题为rMATS-turbo: an efficient and flexible computational tool for alternative splicing analysis of large-scale RNA-seq data的文章。 摘要 Pre-mRNA的选择性剪接是一种用于增加真核生物转录组和蛋白组多样性的普遍机制。调节的选择性剪接在许多生物过程中发挥作用,而失调...
《Comparative analysis of differential gene expression tools for RNA sequencing time course data》 https://academic.oup.com/bib/article/20/1/288/4364840 《Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series》 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/30/18/2598/24...
安装好udunits 库了之后,再进行GDCRNATools的安装即可。 使用示例 最近安装完GDCRNATools之后,按照官网上的教程,进行了简单的测试,代码和结果如下: 1)数据下载、整理: library(GDCRNATools)library(DT)project<-'TCGA-CHOL'rnadir<-paste(project,'RNAseq',sep='/')#1) load RNA counts datadata(rnaCounts)rn...
文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 最近在NC上发这篇RNAseq工具对比的一篇文献,为咱们小伙伴来分析RNAseq这种应用最为广泛的...
DTE方法的比较:DESeq2、edgeR和limma-voom在测试的五种DTE工具中表现最佳。 对于DTE分析,短读长DTE“金标准”DESeq2、edgeR和limma-voom对长读长数据表现出类似的良好灵敏度和假阳性控制。 计算机模拟数据DTE方法的比较 DTU方法的比较:对于DTU分析,没有一种方法能够在性能和假阳性控制之间取得平衡,并且各种方法之间...
If not addressed, this technical noise can bias the analysis and interpretation of the data. In response to these challenges, a suite of computational tools has been developed to process, analyse and visualize scRNA-seq datasets. Although the specific steps of any given scRNA-seq analysis might ...
了解PCA (principal component analysis) 了解如何使用 PCA 和层次聚类评估样本质量 1. 质控 DESeq2 工作流程的下一步是 QC,其中包括样本和基因程度上,以对计数数据执行 QC 检查,以帮助我们确保样本或重复看起来良好。 QC 2. 样本QC RNA-seq 分析中一个有用的初始步骤通常是评估样本之间的整体相似性: 哪些样本...
SARTools是一个R包,专门用于RNA-seq数据的差异分析。它提供了生成描述性和诊断图的工具,使用众所周知的DESeq2或edgeR包运行差异分析,并将结果导出为易于阅读的制表符分隔文件。它还有助于生成HTML报告,显示所有生成的图形,解释统计方法并给出差异分析的结果。请...
Hi. Thanks for creating this tool. I'm trying to do an analysis from a pre-print on some scRNA-seq data and I think UMI Tools might be appropriate. Here is the paper: http://biorxiv.org/content/early/2017/02/02/104844 Basically, there is...
单细胞RNA测序现在是一个非常热门的技术,有着广泛的应用。当然为这个新技术开发得生物信息学工具也越来越多。OMICtools已经为我们选出了目前最受欢迎的单细胞RNA测序数据分析工具。(值得一提的是,OMICtools是一个非常有用的了解组学分析使用软件的网站,有针对基因组、群体遗传、RNAseq等各种分析的介绍。) ...