1. 测序方法 两种建库方法对应两种测序方法: 非链特异性测序方法(non-stranded RNA-seq protocol):得到的reads没有方向性,无法判断reads是属于Gene A还是属于Gene B (Antisense RNA)的。 链特异性测序方法(stranded RNA-seq protocol):得到的reads具有方向,可以根据reads方向判断reads是属于Gene A还是属于Gene B。
测序方法分为非链特异性测序(Strand specific seqiencing)方法和链特异性测序方法两种(nonspecific sequenci...
确定RNA-seq链特异性 查看原文 敏感性与特异性、查准率和查全率 敏感性与特异性一级目录 一级目录 感性和特异性虽然与查准率和查全率相似,但并不相同。其定义如下:在癌症示例中,敏感性和特异性指: 敏感性:在患有癌症的所有人中,诊断正确的人有多少?特异性:在未患癌症的所有人中,诊断正确的人有多少? 查准率和...
首先,RNA-seq是目前我们触手可及、应用最广的基因表达量检测技术;其次,相较之于链非特异性测序,链特异性测序对大多数人来说更复杂,更难以理解。关于链特异性测序我之前已经有一个长篇大论谈到了这个问题:一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?,阅读量还不错,反馈也还可以,有兴趣的可...
关于RNAseq链特异性文库的一些细节问题 建库方式是 dUTP - second strand 以下是我的理解,不一定对,欢迎大家留言讨论 基因组测序结果存储在fasta文件里,方向是从左到右 是 5'到3’ image.png 也就是上面那条序列,默认为是正义链 那如果基因在正义链上 如果序列是 ATGATCACT...
建库方式是 dUTP - second strand 以下是我的理解,不一定对,欢迎大家留言讨论 基因组测序结果存储在fasta文件里,方向是从左到右 是 5'到3’ 也就是...
总的来说,这些数据显示了SMART-Seq试剂盒可以实现与SSv4试剂盒相当的灵敏度和重现性。 (以上数据均来源于Takara Bio Inc.) SMART-Seq Stranded Kit为单细胞转录组分析提供了一个不同寻常的解决方案!所以如果您的样本是单细胞或非常微量的total RNA样本,希望能分析编码和非编码RNA,希望能提供链特异性等,都可以选择...
因此,在RNA-seq技术首次发表后不久,许多文库制备方法的改进相继推出。例如,片段化RNA而非cDNA可以降低3'/5'偏好,链特异性文库制备方法能够更好的区分正链和负链转录的基因,这些改进都能获得更准确的转录本丰度估计。片段化RNA和构建链特异性文库很快成了大部分RNA-seq文库制备试剂盒的标配。这里我们简要描述了RNA-...
因此,在RNA-seq技术首次发表后不久,许多文库制备方法的改进相继推出。例如,片段化RNA而非cDNA可以降低3'/5'偏好,链特异性文库制备方法能够更好的区分正链和负链转录的基因,这些改进都能获得更准确的转录本丰度估计。片段化RNA和构建链特异性文库很快成了大部分RNA-seq文库制备试剂盒的标配。这里我们简要描述了RNA-...