这是一张癌细胞中的融合基因的示意图, 这张图是高通量测序测到的融合基因,我们可以看到,有10几个reads都横跨在这个融合基因的交接点的两侧,由此证明,在这个癌细胞中有这么一个融合基因。 3、RNA-seq找点突变 我们用泡泡图来表示找到的点突变,发生频率最高的基因就用最大的泡泡来表示。频率低的就画小一点的泡泡。
利用组织或者多细胞进行的RNA-seq(bulk RNA analysis)已经彻底改变了我们对生物学的理解,但是这种常规的RNA-seq无法轻易地分辨出特定的细胞类型,也无法了解转录的空间分布情况,而这两者都是认识机体复杂性所必须的。单细胞测序可以揭示出特定的细胞类型,哪怕是在已经研究地很...
测序得到的原始数据我们称之为 Raw reads,之后我们会根据 10X Genomics单细胞RNA Seq独特的文库结构,对 Reads 的 Barcode 、UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果, 进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果...
图3 | Illumina技术原理示意图 第三代测序技术(Long Read RNA-seq)由于Illumina测序前需要事先将样本链打碎,测序后通过软件去还原完整的序列,而且单次读长限制在200bp以内,在做全转录组分析时可能会丢失相当一部分信息,而第三代测序技术恰恰弥补了这一短板。第三代技术有两种:1)单分子实时测序技术(Single...
瞒不住了!高通量单细胞RNA-Seq,长读长的那种! 在有些研究场景下,长读长测序(long-read sequencing)方法相比传统的短读长测序(short-read sequencing)方法,会是一个更好的选择。长读长测序文库构建操作相对简便。需要多次重复构建文库时,长读长测序也不需面对短读长测序那样复杂繁琐的操作流程。此外,长读长测序...
RNA-seq是高通量测序中最常见的一种应用,本期视频介绍其: 1.方法原理 2.生物信息分析 表达差异 (1)火山图展示 (2)聚类分析 (3)GO分析 (4)Pathway分析(KEGG分析) 结构变异 (1)可变剪接 (2)融合基因 (3)点突变 RNA高通量测序(RNA-sequencing,缩写为RNA-seq)是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术...
RNA测序(RNA-seq)逐渐应用于多个层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译、RNA结构组和分析差异基因(differential gene expression,DGE)等。主要的RNA-Seq方法有:转录组测序、小RNA/非编码RNA测序等。 图2 中心法则中RNA分类示意图[2] 转录组测序 转录组:即某个物种...
图1 RNA-Seq筛选到的乙烯生物合成和信号转导相关差异基因相对表达的热图(Li et al., 2022)。 1.2 ATAC-seq ATAC-Seq技术是一种研究表观遗传的创新型技术,它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶切割DNA序列来检测染色质可及性的方法。通俗地讲,就是Tn5转座酶可以随机结合并切割染色质开放区的DNA,...
第三代技术有两种:1)单分子实时测序技术(SingleMolecular Real-Time Sequencing,SMRT),仍需要RT-PCR构建cDNA文库,代表是Pracific Bioscience测序仪;2)直接测序技术(DirectRNA-seq),代表是OxfordNanopore测序仪。 1. SMRT:PracificBiosciences SMRT技术无需打碎样品,通过在模板两端接上Adapter构建成环形DNA分子。Pracific...
在过去的十年中,RNA测序(RNA-seq)成为差异基因表达、mRNA差异剪接等研究场景不可或缺的重要手段。随着高通量测序技术的不断发展,RNA-seq的研究技术、分析方法也在不断发展。现在RNA-seq用于研究RNA相关的各方面生物学问题,包括单细胞基因表达、RNA翻译、RNA结构、空间转录学、全转录组、RNA-蛋白互作等。早前 Nature...