RNA-seq是高通量测序中最常见的一种应用,本期视频介绍其: 1.方法原理 2.生物信息分析表达差异 (1)火山图展示 (2)聚类分析 (3)GO分析 (4)Pathway分析(KEGG分析)结构变异 (1)可变剪接 (2)融合基因 …
图1-1 链特异性建库与非特异性建库示意图 (Zhao et al., BMC Genomics,2015) 在RNA-Seq建库的时候,第一步都是进行RNA到cDNA的反转录,在反转录以后,普通的RNA-Seq就直接使用random primer进行第2条链合成,随后加adapter。这样构建出来的RNA-Seq库进行测序以后是分不清这个序列是来自于genome的那条链的,因为被...
我们一般的RNA-seq要测的,也是mRNA的各种变化,所以,在实验过程当中,我们一般要把核糖体RNA先去掉。然后再进行建库测序。 去除核糖体RNA,并进行建库的方法有许多种。目前应用最广泛的是illumina公司的TruseqRNA建库方法。 上图是mRNA测序的建库过程图。 首先,利用高等生物的mRNA都有Poly(A)尾巴这个特点,用带有Poly(T...
图3 | Illumina技术原理示意图 第三代测序技术（Long Read RNA-seq）由于Illumina测序前需要事先将样本链打碎，测序后通过软件去还原完整的序列，而且单次读长限制在200bp以内，在做全转录组分析时可能会丢失相当一部分信息，而第三代测序技术恰恰弥补了这一短板。第三代技术有两种：1）单分子实时测序技术（Single...
一、RNAseq简介 1.1 RNAseq 定义 转录组,也叫做 RNAseq,是指特定类型细胞中全体转录本的集合。在转录组中,既包括编码蛋白的信使 RNA(mRNA),也包括不编码蛋白的 rRNA,tRNA,小RNA,lncRNA 等非编码 RNA。这些 RNA 转录本彼此协同作用,共同来调控细胞的生长,发育,凋亡等一系列重要的生理过程。对于转录本的研究通常...
图2GEM(10X Gel in Emulsion)结构示意图 RNA seq测序流程 实验流程 首先将样本制备成单细胞悬液,随后进行上机前细胞计数和细胞活率检测,若细胞活率≥80%,则将细胞浓度调整为 700-1200 个/μL。将制备好的细胞悬浮液利用微流控芯片,将带有细胞标签序列(cell Barcode)的凝胶珠(bead)和细胞包裹在液滴中。在液...
RNA测序(RNA-seq)逐渐应用于多个层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译、RNA结构组和分析差异基因(differential gene expression,DGE)等。主要的RNA-Seq方法有:转录组测序、小RNA/非编码RNA测序等。 图2 中心法则中RNA分类示意图[2] 转录组测序 转录组:即某个物种...
从而富集成熟的编码 mRNA,为 mRNA-Seq 工作流程提供基础。在此过程中,首先对 RNA 进行变性以去除二级结构并使 poly(A) 尾与磁珠表面上修饰的Oligo(dT) 分子杂交。杂交后,除去无聚腺苷酸化的RNA。磁珠清洗,然后通过提高温度实现mRNA的洗脱(图 2)。 图1 | poly(A) RNA 分选示意图。
瞒不住了!高通量单细胞RNA-Seq,长读长的那种! 在有些研究场景下,长读长测序(long-read sequencing)方法相比传统的短读长测序(short-read sequencing)方法,会是一个更好的选择。长读长测序文库构建操作相对简便。需要多次重复构建文库时,长读长测序也不需面对短读长测序那样复杂繁琐的操作流程。此外,长读长测序...
图1 RNA-Seq筛选到的乙烯生物合成和信号转导相关差异基因相对表达的热图(Li et al., 2022)。 1.2 ATAC-seq ATAC-Seq技术是一种研究表观遗传的创新型技术,它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶切割DNA序列来检测染色质可及性的方法。通俗地讲,就是Tn5转座酶可以随机结合并切割染色质开放区的DNA,...