一、不同平台 RNAseq 研究的比较 在前面介绍过不同测序平台的优势,目前市场上主流测序平台主要包括短读长测序的 illumina 测序平台,华大基因的 MGI 测序平台,长度长测序的 Pacbio 测序以及牛津纳米孔 nanopore 测序。在 ncbi 的 sra数据库中,目前超过 95%的的数据均来自于 illumina 测序,这一方面是由于 illumina ...
主页> 问答中心> 多组学分析FAQ汇总> RNA-Seq使用哪些测序平台? 标准(Standard)、链特异性(Strand-Specific)、单细胞(Single-Cell)、小型(Small)和超低输入(Ultra-Low Input)RNA-Seq在Illumina平台上使用短读测序,例如NovaSeq和HiSeq。Iso-Seq在PacBio Sequel上使用长读测序。
利用Illumina、Ion Torrent、PacBio、Nanopore等高通量测序平台，对cDNA文库进行单链或双链测序。生成大量短读长（short reads）或长读长（long reads）序列数据。数据分析：进行数据质量控制（QC），如去除低质量reads和接头序列。将高质量reads比对到参考基因组或转录组上（常用工具有Hisat2、STAR等）。定量分析基因...
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性...
虽然Illumina测序是目前最主要的RNAseq平台,太平洋生物科学公司(PacBio)和牛津大学纳米孔公司(ONT)提供替代的长读长测序技术,可以完成cDNA完整的单分子测序。该方法不需要组装,因此克服了短读长测序的部分问题,诸如序列映射问题,可以识别更长的转录本,从而可以更好地获得转录本...
尽管Illumina是目前主流的RNA-seq平台,但Pacific Biosciences(PacBio)和Oxford Nanopore(ONT)能在完整的RNA分子反转录为cDNA后进行单分子长读长测序。因为消除了short RNA-seq reads需要的组装步骤,可以解决short reads测序相关的一些问题。例如:序列比对的模糊性降低,可以鉴定更长的转录本,这些有助于更好地检测转录异构...
拥有BD、10X Genomics、SMART-seq三大单细胞测序服务平台。 经验丰富 累计制备50余种组织类型的单细胞样本,细胞活率平均90%以上。 样本制备 单细胞测序样本保存液、单细胞核分离试剂盒以及单细胞悬液制备方法完美解决单细胞样本制备问题。 数据分析 建立了完善的单细胞测序(核)数据处理方法及个性化分析方法和流程。
高通量测序(如Illumina NovaSeq 6000等测序平台)得到的原始图像数据文件,经碱基识别(Base Calling)分析转化为原始测序序列(Sequenced Reads),我们称之为Raw Data或Raw Reads,结果以FASTQ(简称为fq)文件格式存储,其中包含测序序列(Reads)的序列信息以及其对应的测序质量信息。测序样品中真实数据随机截取结果如下: ...
Aksomics(原康成生物)基于高通量测序平台,为您提供一站式RNA测序技术服务,您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,Aksomics的技术服务人员就可为您完成全部实验操作,包括RNA抽提、rRNA去除、文库构建、高通量测序和数据分析、并提供完整的实验报告。 服务 单细胞组学 生物分子凝聚体研究 DNA/RNA/蛋白相互作用 R-loop研...