一、不同平台 RNAseq 研究的比较 在前面介绍过不同测序平台的优势,目前市场上主流测序平台主要包括短读长测序的 illumina 测序平台,华大基因的 MGI 测序平台,长度长测序的 Pacbio 测序以及牛津纳米孔 nanopore 测序。在 ncbi 的 sra数据库中,目前超过 95%的的数据均来自于 illumina 测序,这一方面是由于 illumina ...
利用Illumina、Ion Torrent、PacBio、Nanopore等高通量测序平台，对cDNA文库进行单链或双链测序。生成大量短读长（short reads）或长读长（long reads）序列数据。数据分析：进行数据质量控制（QC），如去除低质量reads和接头序列。将高质量reads比对到参考基因组或转录组上（常用工具有Hisat2、STAR等）。定量分析基因...
主页> 问答中心> 多组学分析FAQ汇总> RNA-Seq使用哪些测序平台? 标准(Standard)、链特异性(Strand-Specific)、单细胞(Single-Cell)、小型(Small)和超低输入(Ultra-Low Input)RNA-Seq在Illumina平台上使用短读测序,例如NovaSeq和HiSeq。Iso-Seq在PacBio Sequel上使用长读测序。
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性...
尽管Illumina是目前主流的RNA-seq平台,但Pacific Biosciences(PacBio)和Oxford Nanopore(ONT)能在完整的RNA分子反转录为cDNA后进行单分子长读长测序。因为消除了short RNA-seq reads需要的组装步骤,可以解决short reads测序相关的一些问题。例如:序列比对的模糊性降低,可以鉴定更长的转录本,这些有助于更好地检测转录异构...
拥有BD、10X Genomics、SMART-seq三大单细胞测序服务平台。 经验丰富 累计制备50余种组织类型的单细胞样本,细胞活率平均90%以上。 样本制备 单细胞测序样本保存液、单细胞核分离试剂盒以及单细胞悬液制备方法完美解决单细胞样本制备问题。 数据分析 建立了完善的单细胞测序(核)数据处理方法及个性化分析方法和流程。 联...
虽然Illumina测序是目前最主要的RNAseq平台,太平洋生物科学公司(PacBio)和牛津大学纳米孔公司(ONT)提供替代的长读长测序技术,可以完成cDNA完整的单分子测序。该方法不需要组装,因此克服了短读长测序的部分问题,诸如序列映射问题,可以识别更长的转录本,从而可以更好地获得转录本...
全外显子测序(WES)和RNA测序(RNA-Seq)是二代测序(NGS)的两个主要平台,其中WES主要用于发现DNA变异,而RNA-Seq的使用集中在基因表达量的测量,生信技能树jimmy老师B站都分享过这两方面数据的处理视频教程: 免费视频课程《RNA-seq数据分析》 免费视频课程《WES数据分析》 ...
StarScope 是达普生物自主开发的,其基于 STARsolo 和 Seurat 的 nextflow pipeline, 提供一站式的单细胞 RNA-seq 分析方案,可完成从原始的 reads 到细胞基因表达矩阵输出,并生成一个完整的 HTML 格式数据报告,表达结果还可接入多种下游分析。 ▉软件功能: ...