定义: 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是一种计算方法,用来确定一组先验定义的基因集是否在两种生物状态之间显示出统计学上显著的、一致的差异。 官网地址:GSEA (gsea-msigdb.org) 基本原理: 使用预定义的基因集(通常来自功能注释或先前实验的结果),将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,...
多组学-通过GSEA分析对 RNAseq 的数据进行解读 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA/基因集富集分析), 是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个“基因集”,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因是属于同一通路,以及该通路...
clusterProfiler：基因功能富集分析的惊喜之作 这里就不再赘述了，我们介绍一款NCS文章比较喜欢的、出现率较...
Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因，我们可以用omicverse包 来完成这个任务。对于差异...
3. 利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集 4. 用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot dotplot cnetplot emapplot treeplot heatplot upsetplot 承接上期文章:RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较,一下介绍用差异基因进行GO、KEGG富集分析与enrichplot可视化 ...
图7 GO富集分析的二级分类柱状图 注:若是使用基因集,没有包含上下调信息,则这部分只有一个颜色展示;差异结果集可以展示上下调信息,可自由调整颜色。 图8 KEGG富集分析的数目统计图 3 增加显著性柱状图 通常我们进行富集分析之后,需要用一些图表来展示富集显著的通路,常用的图有显著性柱状图和气泡图,因此我们分别给出...
题目:对筛选得到的差异基因做KEGG富集分析。 目的:富集分析给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的,不是随机影响的。 内容:1. 将筛选出的基因集导入网页,就可以得到结果。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。 工具:KOBAS (pku.edu.cn) 步骤:
GO、KEGG富集分析(一)有参情况 clusterProfiler基因功能富集分析 +气泡图 Bioconductor的镜像修改 转换ID # 修改镜像chooseBioCmirror() image-20210820101849879 BiocManager::install("clusterProfiler")library(clusterProfiler)BiocManager::install("org.At.tair.db")# 镜像改一下安装很快library(org.At.tair.db)gene<-...
SeqGSEA就是一个综合了基因差异表达及可变剪切的分析方法的R包,同时还提供了这些基因的GSEA功能分析。 由于RNA-Seqcount数据本身的特性,R包使用的是负二项分布作为背景分布(如DESeqR包)。然后在将两个测度结合起来共同评价基因的差异情况,并提供GSEA分析。