我们进行完RNA-seq后,真实返回的测序数据就是这个样子的 https://upload-images.jianshu.io/upload_images/12544845-e3b832719ef3fe03.png?imageMogr2/auto-orient/strip|imageView2/2/w/1240 我们直接分从其中的rawdata开始分析 因为此次是双端测序,所以每个样本有两个fastq文件。 RNA-seq上游测序的步骤可以概括...
获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 一、hisat2 + feature...
到此,我们完成了RNAseq原始数据的下载、格式转化和质控清洗步骤,得到了经过质控后存放于clean文件夹下的fastq文件,接下来就可以利用这些cleaned fastq文件进行下一步的比对、计数(hisat2+feature_counts 或 salmon),最终得到我们想要的counts文件 参考资料 20160410 测序分析——使用 FastQC 做质控 - 知乎 (zhihu.com)...
RNA-seq转录组数据上游分析 主要参考视频RNA-seq转录组数据分析入门实战01-Linux操作技巧主要参考推文合集Linux (qq.com)本教程使用了生信技能树的服务器,个人体验很不错,性价比极高,推荐 01.Linux操作技巧 前期准备: 下载Xshell netsarang.com/zh/free-f 下载Xftp 在进行linux操作之前请一定确保自己熟悉shell语法...
RNA-seq入门实战整体分析流程 本节概览: 1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号 2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件 3.使用fasterq-dump/fastq-dump命令将SRA文件转为FASTQ格式,pigz软件多线程压缩(可选) 4.使用fastqc和multiqc进行测序数据的质控查看 ...
-seq入门实战(零):RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建 -seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 -seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon -seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 -seq入门实战(四):差异分析前的准备—...
承接上节RNA-seq入门实战(零):RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建 一、从NCBI获取数据SRR号 数据的文章来源: Formative pluripotent stem cells show features of epiblast cells poised for gastrulation | Cell Research (nature.com) 在文章的Data availability 下找到GEO accession number: GSE154290 ...
学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。 使用fastp处理fastq文件,在使用START比对到基因组同时得到raw count,使用非冗余外显子长度作为基因的长度计算FPKM、TPM,同时也生成了CPM的结果。 非冗余外显子长度计算可以参考之前的推文转录组实战02: 计算非冗余外显子长度之和 ...
承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 一、hisat2 + featureCounts ...