对于人类基因组来说,外显子区域大概占到基因组的1%,大概在30M左右。一般全外显子测序的测序深度 为50X~200X,具体深度依研究目的而定,其个体之间的变异小(在VCF文件上记录着少许差异,一点点)。 转录组测序(RNA-seq): 首先转录组是指在相同环境(或生理条件)下的在一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA...
标准直接RNA-seq主要关注编码区,尤其是已知外显子;而NERD-seq能够生成更多、具有更高覆盖度的非编码区reads。与标准方法相比,LINE是NERD-seq中代表性过剩的主要非编码元件之一。 图2.NERD-seq能够为非编码基因组生成具有更高覆盖率的reads 除生成覆盖度更高的非编码基因组reads外,NERD-seq还能有效检测mRNA和p...
虽然WGS中使用的CNV鉴定工具是基于统一的基因组覆盖率,但在scRNA-seq的情况下,信号仅集中在外显子中。在这方面,建议对等位基因失衡进行分析,以了解基因组和转录组之间的相关性。然而,由于等位基因缺失、异质性和低测序深度,很难区分真正的基因变异和技术人工制品。因此,目前,使用scRNA-seq数据分析DNA倍性和鉴定非整...
我的回答是:RNA-Seq不能代替WES完成外显子的变异检测,原因如下: (1). 转录本不是全部的外显子。由于基因通过可变剪切出不同的转录本,实现多能性。那么,没被该转录本包括的外显子就丢失了; (2).转录本数据在基因上的覆盖深度是极度不均匀的。不同基因的表达量不同,有些很高,有些甚至没有。进行变异检测的...
在我们的RNA-seq研究中计算覆盖率统计是一个很好的做法。粗略计算,人类基因组有3000Mnt,其中大约1/30被用于蛋白质编码基因。这意味着要测序的RNA大约在100M nt。如果我们使用单端测序100nt(或双端测序50nt),则1M reads给出100M nt序列数据,其等于1×覆盖。普通平台的典型Read输出是30Mreads,将提供30×覆盖。因...
近日,上海交通大学附属新华医院余永国教授团队牵头,应用光学基因组图谱(OGM)联合RNA-seq技术对外显子组测序阴性的神经发育异常患者进行了结构变异(SV)检测和解析的前瞻性研究。研究结果表明,OGM可以帮助发现ES未覆盖的非编码区SV,有助于发...
long-read cDNA方法能直接检测全长转录异构体,从而移除或大幅减少检测偏好,提高差异表达转录本分析的准确率。 而以上这些方法都依赖于cDNA转换,这一过程抹去了有关RNA碱基修饰的信息,而且也只能粗略估计多聚腺苷酸(poly(A))尾巴的长度,而direct RNA-seq可以直接分析全长转录本异构体、度量碱基修饰(比如N6-甲基腺苷(...
作者将提取的全部cfRNA制备了全转录组RNA-seq文库。测序结果显示,血浆cfRNA以核糖体RNA(rRNA)和线粒体rRNA(Mt rRNA)为主,约占测序转录本的95%;mRNA在cfRNA中所占比例相对较小,与多数细胞类型中rRNA与mRNA的相对比例一致。此外,与cfDNA相比,cfRNA在表达基因的外显子区显示出更高的覆盖率。与预期的成熟mRNA一...