理解了上面的测序深度和覆盖度的概念,我们就可以根据它们来区分WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq,简单地说就是搞清楚这些组学要测什么,而且测多深即可。 全外显子(Whole-exome sequencing): 首先外显子组(Exome)是指真核生物基因组中全部外显子区域的总和,包含了蛋白质合成最直接的信息。外显子 组测序(Exome-s...
外显子与总长度的比率(外显子含量),总外显子重复序列覆盖率(重复覆盖率)或GC含量均未观察到差异。其中,y轴显示CLC /非CLC平均值的log2倍差异;x轴表示获得的p值。 图4c. 序列和基因特性 从进化保守性推断,CLC基因也倾向于具有更大的功能证据,作者计算了lncRNA外显子和启动子在各种进化深度的碱基保守性(图4...
覆盖率:98/100 × 100% = 98% 我们说这个测序的覆盖率是98% 测序深度越高,基因覆盖率越高。当普通人的测序深度达到10x时,基因覆盖率为100%,测序深度饱和,增加测序深度没有效果。 刀片尺寸 通过检测双端测序的起始和终止位置,可以得到插入片段的长度,从而决定了测序的长度。 引物和适配器 提取基因组DNA后,通过...
我的回答是:RNA-Seq不能代替WES完成外显子的变异检测,原因如下: (1).转录本不是全部的外显子。由于基因通过可变剪切出不同的转录本,实现多能性。那么,没被该转录本包括的外显子就丢失了; (2).转录本数据在基因上的覆盖深度是极度不均匀的。不同基因的表达量不同,有些很高,有些甚至没有。进行变异检测的...
Borzoi通过计算外显子-内含子覆盖率比值的变化,能够为剪接变异提供深入分析,识别出影响剪接的遗传变异。特别是在与sQTL相关的任务中,Borzoi对靠近剪接位点的变异(如小于200 bp的变异)表现出色,能够准确预测这些变异对RNA剪接的影响。在与Pangolin...
标准直接RNA-seq主要关注编码区,尤其是已知外显子;而NERD-seq能够生成更多、具有更高覆盖度的非编码区reads。与标准方法相比,LINE是NERD-seq中代表性过剩的主要非编码元件之一。 图2.NERD-seq能够为非编码基因组生成具有更高覆盖率的reads 除生成覆盖度更高的非编码基因组reads外,NERD-seq还能有效检测mRNA和...
在我们的RNA-seq研究中计算覆盖率统计是一个很好的做法。粗略计算,人类基因组有3000Mnt,其中大约1/30被用于蛋白质编码基因。这意味着要测序的RNA大约在100M nt。如果我们使用单端测序100nt(或双端测序50nt),则1M reads给出100M nt序列数据,其等于1×覆盖。普通平台的典型Read输出是30Mreads,将提供30×覆盖。因...
虽然WGS中使用的CNV鉴定工具是基于统一的基因组覆盖率,但在scRNA-seq的情况下,信号仅集中在外显子中。在这方面,建议对等位基因失衡进行分析,以了解基因组和转录组之间的相关性。然而,由于等位基因缺失、异质性和低测序深度,很难区分真正的基因变异和技术人工制品。因此,目前,使用scRNA-seq数据分析DNA倍性和鉴定非整...