加上新的长读长 (long-read,注:在本文中,RNA-seq测序生成的read统一译为“读长“)和直接RNA-seq(direct RNA-seq)技术以及用于数据分析的更好的计算工具的整合,RNA-seq技术的创新有助于人们更全面地理解RNA生物学,例如从何时何地转录发生到控制RNA功能的折叠和分子间相互作用等问题。 前言 RNA-seq技术出现于十...
早期的RNA-seq从大量的实验样本中产生了DGE数据,这充分说明了RNA-seq在广泛的生物体以及系统中的使用,这些生物体包括玉米(Zea mays), 拟南芥(Arabiodopsis thaliana), 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisae),小鼠(Mus musculus)以及人类。虽然RNA-seq这个术语经常被用于那些完全不同的方法学方法和/或生物学,但是DGE分析...
目前最为流行的 RNA-Seq 数据比对软件是 HISAT2 和 STAR,它们可以说是大浪淘沙后的优胜者。特别值得一提的是,STAR 的升级版 STARsolo 在单细胞测序数据的比对和质控方面得到了越来越广泛的应用,感兴趣的小伙伴可以参考论文:STARsolo: accurate, fast and versatile mapping/quantification of single-cell and singl...
TopHat 是一款经典的 RNA-Seq 数据比对软件,能够精确地将测序 reads 比对到基因组上。其利用 Bowtie 进行快速比对,并考虑了剪接事件,提高了对剪接变异的检测灵敏度。曾经Tophat +Cufflinks作为转录组数据分析的标准流程,不知帮多少人完成了毕业论文,可以说为转录组学的发展立下了汗马功劳。但江山代有人才出,随着新...
RNA-seq技术的发展历史 Illumina的短序列读长测序技术生成了SRA(Short Read Archive)中95%已表达的数据(附件表2)。由于cDNA的短序列读长测序方法几乎是一种常规的方法,因此 我们认为这是一种最基础的 RNA-seq技术,我们先来讨论这种测序主要流程与局限。不过,长读长cDNA测序与dRNA-seq已经兴起,随着研究人员对能提...
在过去十多年里，为了应对日益增长的RNA-Seq测序数据，已涌现出多种比对工具。本文将概述其中几款经典工具。首先是2009年推出的TopHat，这款软件能精确地将测序reads比对到基因组上，利用Bowtie进行快速比对，并充分考虑了剪接事件，从而提高了对剪接变异的检测灵敏度。TopHat曾与Cufflinks一同作为转录组数据分析的标准...
当今第三阶段的标志则是越来越多地使用单细胞RNAseq技术来挖掘宿主和微生物互作中的细胞异质性[9,10]。 图1. 基于RNA-seq的感染研究历史 2. 组学技术以及其在宿主与微生物互作中的研究 2.1 基因组和表观组 利用比较基因组学可以揭示相关细菌物种基因(毒力基因等)含量的异同[198],研究细菌病原体的人类宿主的...
RNA-seq技术的发展历史 Illumina的短序列读长测序技术生成了SRA(Short Read Archive)中95%已表达的数据(附件表2)。由于cDNA的短序列读长测序方法几乎是一种常规的方法,因此 我们认为这是一种最基础的 RNA-seq技术,我们先来讨论这种测序主要流程与局限。不过,长reads cDNA测序与dRNA-seq已经兴起,随着研究人员对能...
第三课 RNAseq发展历史 RNAseq主要获得基因的表达水平 分子杂交 RT-PCR(需要预先知道序列信息才能采用该方法) EST表达序列标签(只能得到部分转录本信息,而得不到全部的转录本信息) 基因表达的连续分析技术SAGE 芯片技术Microarray(只能检测已知的序列,且不容易定量) ...