进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前,必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中,将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中,所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。 RNA-seq workflow 2. RNA提取与文库制备 在对RNA进行测序前,必须从细胞环境中提取...
本教程将使用从Salmon获得的表达估计值(通常称为“伪计数”)作为差异基因表达分析的起点。 6. 比对后质控 如上所述,差异基因表达分析将使用Salmon生成的转录本/基因伪计数。然而,要对测序数据进行一些基本的质量检查,将读数与整个基因组进行比对非常重要。STAR或HiSAT2都能够执行此步骤并生成可用于 QC 的BAM文件。
本教程将使用从Salmon获得的表达估计值(通常称为“伪计数”)作为差异基因表达分析的起点。 Salmon 6. 比对后质控 如上所述,差异基因表达分析将使用Salmon生成的转录本/基因伪计数。然而,要对测序数据进行一些基本的质量检查,将读数与整个基因组进行比对非常重要。STAR或HiSAT2都能够执行此步骤并生成可用于 QC 的BAM...
RNAseq差异分析的目的是评估不同实验条件下哪些基因/功能发生了改变。一个典型的RNAseq分析流程如下图所示: img 在接下来的几节内容中,我们将带你通过使用各种R包完成端到端基因水平RNA-seq差异表达工作流程。我们将从读取Salmon获得的数据开始,将伪计数转换为计数,进行探索性数据分析以进行质量评估,并探索样本之间的...
RNAseq差异分析的目的是评估不同实验条件下哪些基因/功能发生了改变。一个典型的RNAseq分析流程如下图所示: img 在接下来的几节内容中,我们将带你通过使用各种R包完成端到端基因水平RNA-seq差异表达工作流程。我们将从读取Salmon获得的数据开始,将伪计数转换为计数,进行探索性数据分析以进行质量评估,并探索样本之间的...
在本教程中,将借助许多R包,带你进行一个完整的RNA-seq分析过程。将从读取数据开始,将伪计数转换为计数,执行数据分析以进行质量评估并探索样本之间的关系,执行差异表达分析,并在执行下游功能分析之前直观地查看结果。下面是流程图。 2. 数据集 本教程将使用Kenny PJ et al, Cell Rep 2014中的一部分数据进行演示。
了解从RNA提取到获取基因表达矩阵, 既RNA-seq分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前,必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中,将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中,所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。
图｜RNA-seq 一般流程图（来源：Nature）然而， 美中不足的是，传统 RNA-seq 的建库过程对不同 RNA 分子捕获能力差异很大，甚至有上千倍的差别。因此 RNA-seq 的定量只能局限于不同样品间相同 RNA 分子的变化情况，而无法绝对定量分析同一样品中不同 RNA 分子。此外，RNA 分子上具有很丰富的表观遗传修饰或复杂...
了解RNA-seq和差异表达基因的分析流程 了解如何设计实验 了解如何使用R语言进行数据分析 1. 简介 在过去的十年中,RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。正确识别哪些基因或转录本在特定条件下的表达情况,是理解生物反应过程的关键。