你只要记得,deseq2只是一个差异分析的软件,就是类似于做方差分析的软件一样,只不过其通过log变换和中位数挑选来排除异常值的影响。 deseq2矫正的原理可以看原北卡罗来纳大学教堂山分校的Josh Starme的StatQuest系列视频教程https://statquest.org/video-index/,里边的统计学原理值得学习,也有人将这个系列的视频整理...
通过chip-seq数据分析转录因子与基因的调控关系，实际上是通过对peak区间进行基因注释得到的，由于结合位点位于基因的附近，所以通常会指定一个区域，比如上下游各延伸1kb。如果转录因子和lncRNA启动子区域有重叠的序列，就认为二者之间存在一个调控关系。结果页面如下所示，为目的转录因子所有可能调控的lncRNA。表格从左...
本地论文3D RNA seq a powerful and flexible tool for rapid and accurate differential expression and alternative splicing analysis of RNA seq data for.pdf 这个是一个shiny应用 ,在线的链接是 https://3drnaseq.hutton.ac.uk/app_direct/3DRNAseq/ image.png 对应的github链接是 https://github.com/wyg...
通过chip-seq数据分析转录因子与基因的调控关系,实际上是通过对peak区间进行基因注释得到的,由于结合位点位于基因的附近,所以通常会指定一个区域,比如上下游各延伸1kb。如果转录因子和lncRNA启动子区域有重叠的序列,就认为二者之间存在一个调控关系。 结果页面如下所示,为目的转录因子所有可能调控的lncRNA。表格从左至右...
RNAseq分析可以用hisat2+samtools+stringtie得到表达矩阵,后面可以通过edgeR + clusterprofiler分析。 source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#install biocLite("edgeR") library(edgeR) library(org.Mm.eg.db) library(clusterProfiler) library(xlsx) Mut_Wt为stringtie输入文件转化成的counts文件或者其他方式...
RNA-seq上下游分析snakemake流程 学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。 使用fastp处理fastq文件,在使用START比对到基因组同时得到raw count,使用非冗余外显子长度作为基因的长度计算FPKM、TPM,同时也生成了CPM的结果。
非编码RNA(ncRNA)和蛋白质编码基因(PCG)的转录调控在许多生物过程中起重要作用,ChIP-seq实验常用于检测验证基因和转录调节因子之间的互相作用。ChIPBase数据库包含人类、小鼠、蠕虫、果蝇和拟南芥共5个物种的基因信息,收录了约5万个ChIP-seq数据集,并通过整合约8万个RNA-seq数据提供了正常和癌症组织中ncRNA及其转录调节...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 基因集富集分析 GSEA- clusterProfiler 下面接着记录GSVA与ssGSEA方法。这一部分之前也写过:ssGSEA与GSVA使用方法,主体内容还是那些,一个更新原因是不知道为什么,GSVA包(支持GSVA、ssGSEA、zscore与plage等多种方法)的作者更新了函数!!
在RNA-Seq下游的可视化分析过程中,除了火山图,通过热图展示整体的结果内容同样是一个十分常见的内容。在此,可以使用plot_heatmap.expr()函数来进行热图的绘制。而且,plot_heatmap.expr()函数主要基于ComplexHeatmap包的内容来进行构建,得到的图形还是比较美观的。首先...
转录组(Transcriptome)是指特定细胞或组织中全部转录产物,包括信使RNA,核糖体RNA、转运RNA以及非编码RNA。转录组学(Transcriptomics)是使用高通量测序技术,全面快速获取某一物种特定组织或器官在某一状态下RNA序列信息,并对其结构和表达信息进行分析。 转录组测序(RNA-seq)就是利用高通量测序技术将细胞或组织中全部或部分...