RNA-seq数据的下游分析网页工具不要太多,这里介绍一个最新的: Sundararajan Z, Knoll R, Hombach P, et al. Shiny-Seq: advanced guided transcriptome analysis[J].BMCresearch notes, 2019, 12(1): 432. 很普通的杂志,一般来说,纯粹的工具就是这样的命运! 源代码是公开的,在:https://github.com/szenith...
Sundararajan Z, Knoll R, Hombach P, et al. Shiny-Seq: advanced guided transcriptome analysis[J].BMCresearch notes, 2019, 12(1): 432. 很普通的杂志,一般来说,纯粹的工具就是这样的命运! 源代码是公开的,在:https://github.com/szenitha/Shiny-Seq 所以我想着把它安装在我们自己的服务器里面,方便...
本地论文3D RNA seq a powerful and flexible tool for rapid and accurate differential expression and alternative splicing analysis of RNA seq data for.pdf 这个是一个shiny应用 ,在线的链接是 https://3drnaseq.hutton.ac.uk/app_direct/3DRNAseq/ image.png 对应的github链接是 https://github.com/wyg...
RNA-seq上下游分析snakemake流程 学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。 使用fastp处理fastq文件,在使用START比对到基因组同时得到raw count,使用非冗余外显子长度作为基因的长度计算FPKM、TPM,同时也生成了CPM的结果。 非冗余外显子长度计算可以参考之前的推文转录组实战02: 计算...
CPM <- normalizeGeneCounts(counts, TxDb, method = "CPM") save(CPM,RPKM,TPM,file = "normal.Rdata")#保持到本地 以下命令是normalizeGeneCounts作者的说明文件中的命令 # normalizeGeneCounts## DescriptionFunctiontakes raw counts ofNGSdata and normalize to[CPM,RPKMor TPM](https://www.rna-seqblog...
三.上述几个标准都符合后,我们就可以开始对数据进行分析了,首先是看你的分析目的。 RNA-seq可以做的大都是相关性研究,通过比较找到一些差异,从基因表达上给你的课题指明一定的方向,一般来说,单独做RNA-seq,有如下几个常见的目的。 1. 如果你的样本是实验组与对照组的关系,那么寻找差异基因是关键,这可以通过RNA...
当前版本的KnockTF具有570个手动策划的RNA-seq和微阵列数据集,这些数据集与通过不同敲除/敲除技术和跨多种组织/细胞类型而中断的308个TF相关联。KnockTF不仅提供感兴趣的TF的目标基因的全面基因表达信息,而且收集TF的上游通路信息和下游目标基因的各种功能注释和分析结果,包括GSEA、GO富集、KEGG通路富集、层次聚类分析和...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 分析前评估mp.weixin.qq.com/s/JiT3QB2JjZwrJjvAIiGxmw 大家做完转录组上游分析,获得了表达矩阵、开始自由分析前,为了避免做无用功,分析前的评估是必不可少的。生信技能树反复强调至少需要三张图: 热图:说明不同分组之间很多基因表达量是有明显差异的; ...
为了更好演示,这里采用与之前bulk RNA-seq | 下游分析 | 差异分析 DESeq2中不同的演示数据。从TCGA-COAD、GTEx各随机抽取5个样本,未去批次、未执行任何分析前过滤。不去批次的数据,GAPDH差异显著,你还敢用吗? DEG[c("GAPDH","KRAS","TP53","A2ML1-AS1","A2ML1-AS2","AA06", ...
RNA-seq下游分析-1 title: "xiaohe rnaseqNEW" output: html_document date: "2023-10-25" R Markdown 代码语言:text 复制 database <- read.table(file = "D:/huage1/rnaseq1014/xiaohe/output.matrix", sep = "\t", header = T, row.names = 1)...