研究团队首先收集了所有可用的RNA Pol I、RNA Pol II及RNA Pol III亚基的ChIP-seq数据,生成RNA Pol I、RNA Pol II及RNA Pol III的全基因组占位图谱。数据来源包括ENCODE项目提供的多组织小RNA测序数据及其他公开的RNA-seq、PRO-seq等...
RUVBL2-Pol II轴的功能。RUVBL2在多种肿瘤细胞中高表达,参与复合体众多,但RUVBL2的直接靶基因以及基因调控网络并不清楚。为探究RUVBL2促进Pol II凝聚体形成的功能,研究者应用吲哚乙酸介导的快速降解RUVBL2蛋白系统,并对RUVBL2降解后引起的...
为了进一步研究和解析目标lncRNA的作用机制，可以使用多种技术，如ChIRP、RIP、ChIP-seq、双荧光素酶、RN...
研究者通过分析Pol III降解的PRO-seq和Pol II ChIP-seq信号在基因不同区域的变化情况,发现Pol III降解造成Pol II在一类基因内部区域的结合和转录信号增加,并且Pol III的其它亚基的降解也会造成类似的Pol II转录变化,证实Pol III对Pol II介导的特异性基因的转录发挥调控作用。先前有三种模型来解释不同RNA聚合酶之间...
而且Pol I、Pol II、Pol III降解前后的新生RNA检测实验(PRO-seq),也证实Pol III降解会造成最多Pol II peak区的转录变化,因此研究者首要研究了Pol III对Pol II的转录调控作用。 图1. 交叉ChIP-seq实验发现Pol III可以大规模影响Pol II基因转录 研究者通过分析Pol III降解的PRO-seq和Pol II ChIP-seq信号在...
这些方法揭示了启动子的不同转录程度,转录激活状态的RNA聚合酶II(Pol II)在启动子近端的停留是基因表达调控的关键步骤,新生RNA可以直接调节转录,并且它的序列和结构影响转录延伸、暂停和停滞 (stalling),以及染色体修饰酶和增强子RNAs的结合。旨在区分新转录的RNA和其他RNA的新生RNA-seq方法可以大致分为三类:run-on...
在最近的一个方法比较研究中,CAGE也表现最佳。但是作者同时也说到,仅使用5ʹ末端捕获测序鉴定出的TSS位点假阳性比较多,建议结合其他独立的方法进一步验证,如DNase I测序或H3K4me3染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq)。 使用唯一分子标识符来检测PCR重复 RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序...
RNA-seq可用于定位TSS并定量正在转录的新生RNA,从而能够研究RNA动力学。但是,与DGE分析相比,新生RNA的研究具有挑战性,因为它们的半衰期短且丰度低。因此,了解RNA动力学的重要性催生了多种分析新生RNA研究方法。这些方法揭示了启动子的不同转录程度,转录激活状态的RNA聚合酶II(Pol II)在启动子近端的停留是基因表达...
2.ChIP-seq：使用染色质免疫沉淀结合高通量测序（ChIP-seq）技术，可以检测RNAPol II在基因组上的分布...
高分辨率的RNA Pol II MNase-ChIP-seq数据使我们能够将前起始复合物(PIC)形成的峰与暂停的RNA Pol II峰分开,并表明在CDK7抑制后,RNA Pol II作为Mediator-PIC的一部分在启动子处积累。较短的抑制时间和对基因长度的仔细考虑表明,在抑制开始之前已经进行生产性延伸的RNA Pol II分子不会因CDK7抑制而受损,这表明延...