m6A单碱基分辨率交联和免疫沉淀方法(m6A-CLIP/miCLIP)可以成功生成单碱基分辨率的m6A位点信息。该方法片段化的RNA与m6A抗体孵育,然后RNA-抗体复合物通过254 nm UV光交联,通过蛋白酶消化得到的氨基酸残基抑制逆转录中的碱基配对,导致在m6A位点附近发生片段化或突变,最终以单碱基分辨率获得m6A位点信息(图1A)。抗体和RNA的...
m6A单碱基分辨率交联和免疫沉淀方法(m6A-CLIP/miCLIP)可以成功生成单碱基分辨率的m6A位点信息。该方法片段化的RNA与m6A抗体孵育,然后RNA-抗体复合物通过254 nm UV光交联,通过蛋白酶消化得到的氨基酸残基抑制逆转录中的碱基配对,导致在m6A位点附近发生片段化或突变,最终以单碱基分辨率获得m6A位点信息(图1A)。抗体和RNA的...
m6A单碱基分辨率交联和免疫沉淀方法(m6A-CLIP/miCLIP)可以成功生成单碱基分辨率的m6A位点信息。该方法片段化的RNA与m6A抗体孵育,然后RNA-抗体复合物通过254 nm UV光交联,通过蛋白酶消化得到的氨基酸残基抑制逆转录中的碱基配对,导致在m6A位点附近发生片段化或突变,最终以单碱基分辨率获得m6A位点信息(图1A)。抗体和RNA的...
m6A单碱基分辨率交联和免疫沉淀方法(m6A-CLIP/miCLIP)可以成功生成单碱基分辨率的m6A位点信息。该方法片段化的RNA与m6A抗体孵育,然后RNA-抗体复合物通过254 nm UV光交联,通过蛋白酶消化得到的氨基酸残基抑制逆转录中的碱基配对,导致在m6A位点附近发生片段化或突变,最终以单碱基分辨率获得m6A位点信息(图1A)。抗体和RNA的...
(1)m6A层面:对GSCs和分化细胞中的免疫沉淀进行了dot blot,与input RNA进行比较验证m6A抗体在免疫沉淀过程中富集了m6A RNA。研究对各组的总峰值数量和相应的总转录本/基因进行量化,用于表征GSCs和DGCs中m6A的一般峰值分布。每个样本共鉴定到1w peak区域,属于3401-5796个基因,在终止密码子周围显著富集,其中两种细胞系...
m6A检测技术的发展是研究m6A功能的基础。薄层色谱(TLC)、斑点印迹(dot-blots)以及液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)是广泛用于检测RNA m6A整体水平变化的方法。然而这些方法无法分析m6A在转录组水平上的分布,也无法识别特定基因中的m6A位点。以下内容将介绍关于高通量m6A测序技术和单基因m6A位点的检测方法。
m6A修饰验证思路 比较常见的验证方法主要是斑点杂交、质谱检测、SELECT试剂盒检测以及MeRIP-qPCR或者MeRIP-Seq。 1. 斑点杂交 首先是斑点杂交。斑点杂交(Dot blot)可检测和鉴定 DNA、RNA 和蛋白质,通过显影斑点的有无及颜色的深浅来判断是否有杂交及其杂交强度。在研究 RNA 修饰时经常用到斑点杂交来对细胞内总RNA的...
总RNA/mRNA m6A/ac4C定量检测(Dot Blot法) 在斑点杂交中,要检测到的生物分子不是首先通过电泳分离出来的,相反,将含有被检测分子的混合物直接点在膜上,烘烤固定。然后与m6A或Ac4C抗体(Western blot)杂交后检测,步骤如下: (1)交联:在65℃下5分钟,使mRNA变性以破坏RNA中的二级结构。变性后立即在冰上冷却,以防止...
眼部黑色素瘤细胞（92.1、OMM2.3和CRMM1）中m6A水平的m6A dot blot。
m6A检测技术的发展是研究m6A功能的基础。薄层色谱(TLC)、斑点印迹(dot-blots)以及液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)是广泛用于检测RNA m6A整体水平变化的方法。然而这些方法无法分析m6A在转录组水平上的分布,也无法识别特定基因中的m6A位点。以下内容将介绍关于高通量m6A测序技术和单基因m6A位点的检测方法。