MeRIP-seq还用于检测古细菌Sulfolobus solfataricus和芽殖酵母的m5C水平,分别发现酵母中的单位点mRNA和S.solfataricus中14个m5C修饰mRNA。 m5C在mRNA中的功能研究目前并不全面和深入,但也有一些有趣的发现,如Yang等人证明斑马鱼的母体-合子转变(MZT)期间,RNA m5C修饰调控母体mRNA稳定,突出了m5C mRNA修饰在早期发育中的关...
m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种。m5C存在于tRNA上时,可以对翻译进行调节;存在于rRNA上时,可以对核糖体的生物合成进行质控;存在于mRNA上时,则可以影响mRNA的结构、稳定性及翻译过程。 m5C RNA修饰的检测,易基因采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法(m5C MeRIP-seq),该技术利用m5C特异性抗体富集发生m5C...
此外,NSUN4和m5C识别蛋白(reader)ALYREF在HCC中上调,并与不良预后相关。 胃肠道肿瘤(Gastrointestinal cancer) 生物信息学分析显示,所有m5C调控因子(除NSUN6外)在胃肠道肿瘤(GI)的病理分期为I至IV期的患者中的表达水平显著上调,且除NSUN7外,m5C调控因子与较短的总生存期(OS)相关。m5C调控因子对ErbB和PI3K-Akt信...
m5C在RNA代谢中起重要作用,对于维持表观基因组稳态至关重要。然而,m5C修饰在致癌过程中的作用尚未完全明确。 方法 本研究通过视网膜母细胞瘤(RB)细胞和临床样品中的mRNA分离和抗m5C dot blot试验检测全局和mRNA m5C水平。建立原位眼内异种移植模型以检查RB的致癌行为,并进行全基因组多组学分析以鉴定NSUN2的功能靶标,...
m5C reader蛋白ALYREF负责识别PFAS的m5C修饰,通过增强其RNA稳定性来增加其表达。 总之,本研究证明了NSUN2对于RB中的致癌基因激活是必需的,从而扩展了目前对肿瘤进展过程中动态m5C功能的理解。由于NSUN2/ALYREF/m5C PFAS致癌级联是重要的RB触发因素,因此本研究表明,靶向m5C重编程治疗策略可能是一种新颖有效的抗肿瘤治疗...
该研究发现随着DNA损伤修复的发生,m5C RNA修饰存在去甲基化的过程;而FMRP作为TRDMT1的相互作用因子,可以被招募到DNA损伤位点,并协助TET1介导的去甲基化过程。FMRP的缺失可以造成m5C以及相关R-loop在损伤位点的累计,损害同源重组修复进程,并增加肿瘤细胞的放...
三、哺乳动物:m5C修饰在mRNA出核和转录后调控中发挥重要作用 2017年,发表在Cell Research(IF: 25.617) 上,题为5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader的研究发现,m5C修饰在富含CG的区域和翻译起始位点下游的区域富集,在哺乳动物转录组中具有保守的、...
通过多组学分析,鉴定出嘌呤生物合成中的重要磷酸核糖甲酰甘氨酸脒合酶(PFAS)是NSUN2的下游候选靶标。PFAS的重新引入在很大程度上逆转了NSUN2缺陷型RB细胞的抑制表型,表明PFAS是NSUN2的功能性下游靶标。m5C reader蛋白ALYREF负责识别PFAS的m5C修饰,通过增强其RNA稳定性来增加其表达。
RNA结合蛋白YBX1作为m5C reader,参与NSUN2介导的E2F1调控。m5C修饰促进YBX1相分离,从而上调E2F1表达。卵巢癌中的NSUN2和YBX1被扩增和上调,而NSUN2和YBX1高表达表明卵巢癌患者预后较差。此外,E2F1转录调控癌基因MYBL2和RAD54L表达,从而推动卵巢癌进展。本研究绘制了一个由m5C修饰以依赖于YBX1相分离的方式调控NSUN...
与m6A修饰类似,m5C也涉及结合蛋白来改变修饰RNA命运。首个被鉴定m5C修饰的mRNA reader是RNA和出核因子结合蛋白2(ALYREF),这是一个著名的蛋白复合体,有助于mRNA出核(图1和表1)。Y盒结合蛋白1(YBX1)是一种位于细胞质的reader,通过招募ELAV样RNA结合蛋白1(ELAVL1)(mRNA稳定性维持蛋白),以增强m5C修饰mRNA的稳定...