RNA-seq分析表明,ΔBcdim5和ΔBchda1菌株的DEGs具有相同的失调方向,且上调基因(611个上调基因)存在显著重叠。同时,上调的交集中有193个基因,在ΔBcdim5和ΔBchda1菌株中缺少或减少了H3K9me3修饰,表明BcDIM5和BcHda1对这些基因的转录沉默是必需的(图4F)。此外,上调的交叉集中有158个基因与H3K9me3删除峰区域相...
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
但是作者同时也说到,仅使用5ʹ末端捕获测序鉴定出的TSS位点假阳性比较多,建议结合其他独立的方法进一步验证,如DNase I测序或H3K4me3染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq)。 使用唯一分子标识符来检测PCR重复 RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序...
2023年03月28日,美国西奈山伊坎医学院James J. Manfredi团队通过对经辐射处理的小鼠器官进行联合RNA测序(RNA-seq)和染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析,鉴定出共有的和组织特异性p53转录反应,揭示了胸腺和脾脏共有的p53靶点富含凋亡靶点。且肝脏不能上调这些基因并不是因为基因占有率降低。小鼠模型实验表明,p53的C末...
设计主要技术:Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq、4C-seq等 1.在EBV和NPC宿主基因组之间鉴定了EBV相互作用区域 为了探索宿主和EBV基因组之间的染色质相互作用,作者对原代EBV阳性NPC细胞系C666-1进行了环状染色体构象捕获测序(4C-seq)(图1a)。由于EBV基因组的oriP区域与EBNA1介导的宿主基因组相互作用,作者在oriP区域附近...
非编码RNA（ncRNA）和蛋白质编码基因（PCG）的转录调控在许多生物过程中起重要作用，ChIP-seq实验常用于检测验证基因和转录调节因子之间的互相作用。ChIPBase数据库包含人类、小鼠、蠕虫、果蝇和拟南芥共5个物种的基因信息，收录了约5万个ChIP-seq数据集，并通过整合约8万个RNA-seq数据提供了正常和癌症组织中ncRNA及其...
ChIP-seq 基本原理 染色体免疫共沉淀(ChIP ,Chromatin Immunoprecipitation)结合高通量测序技术(NGS)用于分析转录因子,以及其他染色质相关蛋白影响生物体表型变化的机制。研究DNA与蛋白质互作如何调节基因表达对于理解许多生物学过程以及疾病的发生机制具有重要意义。ChIP-seq当前主要应用于两个方面:一方面,转录因子与DNA序列的...
为了在T7 TU水平上测量DNA模板的超螺旋性质,作者使用ChIP-seq量化了GapR,GapR是新月杆菌的一种蛋白质,最近被引入作为细菌和酵母染色体正超螺旋的标记。在野生型大肠杆菌中,GapR富集于下游的内源活性基因。在单个T7 TU的3’端观察到GapR的富集(图3a,第四行)。这种富集对应于T7 TU后扩散到50-100 kb区域的正超...
CHIP-seq、cut&tag-seq结合RNA-Seq分析证明了当组蛋白乳酸化水平升高时,ALKBH3的水平在眼黑色素瘤细胞中上调,这导致了m1A的修饰水平降低。此外,m1A MeRIP-seq、RNA-seq的联合分析随后确定了PML小体的核心成分,SP100A是ALKBH3的下游候选靶点。在治疗方面,ALKBH3的沉默在体内和体外均表现出对黑色素瘤的有效治疗...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....