B因子(B-factor) 温度因子(也称温度值,B因子,B值或Debye-Waller因子)是衡量原子位置不确定性的一种方法,体现了晶体中原子电子密度的“模糊度”(diffusion)。温度因子越高,相应部位的构象就越不稳定。B因子与RMSF的关系是:在Amber中,B因子的单位为Å。 通过比较计算的B因子和晶...
有个问题，我算出来的rmsf横坐标是残基，纵坐标还是nm（见附件），并不是b-factor（单位是A^2）。请...
RMSD，Root Mean Square Deviation； RMSF，Root Mean Square Fluctuation。 一个是偏移，一个是涨落。 二者都是对位移的平方和再求平方根，最后求得均值。其实差别就在于，这个“均值”是哪个物理量按照什么的平均。 维基上可以查到RMSD的定义式：RMSF的定义如下：RMSF和粒子的B-factor是相...
第一个和第三个功能需要输入pdb文件。第二个功能需要输入pdb文件和原子的RMSF文件,两个文件内容需要对应,pdb用来判断出哪些原子属于哪些残基。 例如,将1.pdb的B因子转化为残基的RMSF。首先用第3个功能得到其原子的RMSF文件rmsf-atomic.txt,再选择第2个功能,分别输入1.pdb和rmsf-atomic.txt即可得到rmsf-residue.txt。
gmx rmsf -f *.xtc -s *.tpr -oq *_bfactor.pdb(默认写到-s文件中,或者用-q提供一个新的pdb写入bfactor) -o *_rmsf.xvg -res(一定要加,否则算的是atom的) 几个概念:rmsd vs rmsf vs rmsdist RMSD 是对原子总数求平均, RMSF 是对单个原子时间求平均RMSD表示的是分子结构变化的程...