如果 说 RMSF反映的是蛋白质的动态灵活性,那么 B-Factor 体现的则是蛋白质的静 态灵活性。 B-Factor 值是从蛋白质的 X 光衍射晶体结构的数据中获得的,它反 映了原子的电子层的离散程度。一个氨基酸的 B-Factor 值通过平均组成氨基酸 的所有原子的 B-Factor 来获得。 B-FITTER就是这样一个软件,从蛋白质的...
内容提示: B-Factor 读书报告 王彤 B-Factor 值,也叫“温度因子”,是另一个描述蛋白质灵活性的指标。如果说 RMSF 反映的是蛋白质的动态灵活性,那么 B-Factor 体现的则是蛋白质的静态灵活性。B-Factor 值是从蛋白质的 X 光衍射晶体结构的数据中获得的,它反映了原子的电子层的离散程度。一个氨基酸的 B-...
RMSD相对与某一构型的均方根偏差,RMSD降低表明结构更稳定,结合更牢 RMSF相对与平均构型的均方根涨落,B-Factors和rmsf差不多,他们反映的是结构在整个模拟中的平均变化情况,B-factors的数值大说明对应的位置的活性大,反之相反。rmsf^2=3B/(8*pi^2) 算得rmsf,依此式将rmsf与B-factor相互转化©...
如果说RMSF反映的是蛋白质的动态灵活性,那么B-Factor体现的则是蛋白质的静态灵活性。B-Factor值是从蛋白质的X光衍射晶体结构的数据中获得的,它反映了原子的电子层的离散程度。一个氨基酸的B-Factor值通过平均组成氨基酸的所有原子的B-Factor来获得。B-FITTER就是这样一个软件,从蛋白质的三级晶体结构中提取原子B-...
B-factor很多软件都能算吧, gromacs就可以,你算算rmsf也可以的 爱如风过3610 2楼: Originally posted by shcc at 2012-12-14 00:06:40 B-factor很多软件都能算吧, gromacs就可以,你算算rmsf也可以的 这个软件一般电脑带不起来吧,我这电脑配置不高, 高亚楠六 楼主能否给发一个计算B值的相关软件,136735306...
比较B因子一般比较的是整个残基的，可以由PDB中原子B因子取平均而来。启动这个ba2r程序，输入pdb名字，可以得到一列是残基号，一列是B因子的B-residue.txt文件，方便做图。输入的pdb无需修改，带着注释、TER之类的都没关系。新加入两个功能：pdb的B因子转换为原子rmsf，原子rmsf转换为残基rmsf。新加入了readme....
ba2r: Atom-residue B factor/RMSF conversion tool 文/Sobereva@北京科音 文献一般都是比较残基的B因子或者RMSF,而一般算出来的都是原子的B因子或者RMSF,寡人写的这个ba2r工具就是用来将它们转换的,ba2r会输出残基号和残基B因子/RMSF两列内容,方便作图。输入的pdb不需要做任何修改,带着各种注释性的文字无妨,...
突变蛋白相对于野生型在KD1区域的RMSF值相似,而在KD2区域中,野生型的RMSF值明显高于两个突变体,可能的原因是突变后的半胱氨酸与蛋白质中的其他位置的半光氨酸形成了二硫键,导致整个复合物的体系更加紧凑,从而使KD2区域与前列腺素的结合...
}/* prec is in nr of decimal places, xtcprec is a multiplication factor: */xtcpr=1;for(i=0; i<prec; i++) xtcpr*=10; nfile_in = opt2fns(&fnms,"-f",NFILE,fnm);if(!nfile_in) gmx_fatal(FARGS,"No input files!");if(bDeMux && (nfile_in != nset)) ...
有个问题，我算出来的rmsf横坐标是残基，纵坐标还是nm（见附件），并不是b-factor（单位是A^2）。请...