RNA免疫共沉淀—RIP-seq(RNA Immunoprecipititation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物(RBP)沉淀下来,分离纯化捕获的RNA,结合高通量测序技术对目标RNA进行测序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA,RIP
RNA免疫共沉淀—RIP-seq(RNA Immunoprecipititation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物(RBP)沉淀下来,分离纯化捕获的RNA,结合高通量测序技术对目标RNA进行测序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA,RIP-seq即对富集得到的...
RIP-Seq结合了 RNA 免疫沉淀和高通量测序,其中相互作用的 RNA 通过目标蛋白的免疫沉淀被捕获。 对捕获的 RNA 进行高通量测序有助于了解转录后调控网络的动态过程。 优势 1. RIP-Seq 在解释各种 ncRNA(例如 miRNA 和 lncRNA)的 RNA-RBP 相互作用网络方面具有通用性。 2. 与CLIP-Seq相比,RIP-SEQ不需要进行UV...
RIP-Seq是一种检测细胞内蛋白/RNA互作组的高通量技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和RNA测序技术对目的蛋白在特定细胞/组织内的互作蛋白/RNA,进行系统的检测和分析。该技术适用于目的蛋白在特定细胞/组织中的蛋白/RNA互作组数据检测,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异研究。因此,该技术是研究细胞内蛋白/RN...
详细解读:RIP-seq项目文章|nature子刊揭示低氧诱导AGO2线性泛素化调控肿瘤发生发展机制 miRNA 对 mRNA 的表达沉默作用需要 AGO2 蛋白的介导。在常氧和缺氧两种环境下,作者针对 AGO2 蛋白进行了 RIP-seq 实验,揭示了缺氧处理对 AGO2 结合的 mRNA 的影响。累积分数分析显示,缺氧显着降低了 mRNA 与 AGO2 的相互作...
RIP-Seq原理,..RIP-Seq检测原理: 细胞内蛋白RNA互作组RIP-seq检测,即免疫沉淀RNA结合测序分析检测。RIP-Seq检测原理和IP-Mass类似,不同的是前者利用目的蛋白抗体将相应的RNA-蛋白复合物
RNA纯化实验方法: 1.制备蛋白酶K缓冲液。每个免疫沉淀需要150 µL蛋白酶K缓冲液,包含117 µL RIP洗涤缓冲液,15 µL 10% SDS,18 µL 10 mg/mL蛋白酶K。 2.在150µL的蛋白酶K缓冲液中重新悬浮第三节第8步中的每个免疫沉淀。 3.将第三节第4步的input样品解冻,在试管中加入107 µL RIP洗涤...
1、 实验简介 RIP(RNA结合蛋白免疫沉淀)是研究体内 RNA 与蛋白结合情况的技术,主要包括RIP-qPCR和RIP-seq两种;其中RIP-qPCR用来验证与目标蛋白结合的已知RNA,RIP-seq用来筛选与目标蛋白结合的未知RNA。 2、 实验流程 3、 样品要求 1) 动物组织样品:>100mg (黄豆粒大小) ...
RIP-seq实验中的阳性对照和阴性对照是什么?1. 阳性对照:一般用anti-RNA polymerase II抗体,因为RNA polymerase II是通用转录因子,在所有细胞中都能结合基因的核心启动子区,因此理论上,ChIP后PCR会有条带。一般阳性对照不进行测序。2. 阴性对照:分为mock和input两种,二者均能起到减少假阳性的作用。mock:用普通IgG...
rip-seq实验原理 ChIP-seq实验原理ChIP-seq是一种用于研究DNA-蛋白相互作用的实验技术,由“Chromatin Immunoprecipitation-sequencing”(ChIP-seq)组成。它利用特异性的免疫沉淀来捕获蛋白质与DNA的相互作用,可用于确定蛋白质结合的基因组位点。ChIP-seq技术结合了免疫沉淀和高通量测序技术,使得它可以实现对整个基因组范围...