RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA,RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能够有效探究在基因组范围内发现与蛋白或蛋白复合物相结合的RNA。 01 应用方向: 1. 研究细胞内RNA与蛋白结合情况 2. 发现RBP与非编码RNA(LncRNA...
RIP 实验基本原理: 1. 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。 2. 防止非特异性的RNA的结合。 3. 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。 4.结合的RNA序列通过microarray(RIP-Chip),定量RT-PCR或高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定。 延伸阅读:95%的人类基因组并不编码基因...
基于磁珠的RIP实验流程 RIP 实验基本原理: • 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。 • 防止非特异性的RNA的结合。 • 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。 • 结合的RNA序列通过microarray(RIP-Chip),定量RT-PCR或 高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定。 延伸阅读:...
7.1抗体在细胞样本中表达验证 （质控1）例如：结果说明：目的蛋白在目的样本中表达正常，说明抗体有效，样本中蛋白没有发生降解，可进行后续RIP实验。7.2RIP-WB验证 （质控2）例如：结果说明：目标蛋白的抗体把自身蛋白特异性沉淀下来，说明该抗体可以进行IP实验。7.3 RIP富集后的RNA Qubit检测浓度 （seq项目-质控...
1、 实验简介 RIP(RNA结合蛋白免疫沉淀)是研究体内 RNA 与蛋白结合情况的技术,主要包括RIP-qPCR和RIP-seq两种;其中RIP-qPCR用来验证与目标蛋白结合的已知RNA,RIP-seq用来筛选与目标蛋白结合的未知RNA。 2、 实验流程 3、 样品要求 1) 动物组织样品:>100mg (黄豆粒大小) ...
具体步骤包括紫外交联、裂解产物准备、免疫沉淀、文库构建（如mRNA、LncRNA或miRNA的特异性文库）以及测序和生信分析。分析结果涉及基因组比对、功能元件分布分析、PCA分析等，以及与RNA-seq、RNA pull down、m6A-seq等多组学联合分析。案例一，华中农业大学的研究揭示了EZH2的RIP-seq如何识别猪肌细胞生成的...
MeRIP-seq技术通过免疫共沉淀方法，利用甲基化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA片段进行孵育，从而实现对细胞内具有m6A修饰的RNA片段的系统性研究。RIP实验方法简介 RIP实验可以看作是ChIP技术的类似应用，但它的研究对象是RNA-蛋白复合物而非DNA-蛋白复合物。因此，在具体操作上，RIP实验的步骤会与ChIP实验有所不同。R...
然后再加入固定在磁珠、能与目的蛋白抗体特异性结合的protein A/G，通过免疫沉淀后得到‘RNA-目的蛋白-目的蛋白抗体-protein A/G-磁珠’复合物，也就是分离出细胞中目的蛋白与RNA的复合物，再进一步将沉淀复合物进行分离纯化，即可得到其中结合的RNA，最后结合qPCR或高通量测序（RIP-seq）等方法来鉴定RNA。
具体来说,RIP-seq 技术包括 5 个主要步骤: 1. 细胞破碎和 RNA-蛋白质交联:通过机械或化学方法破碎细胞,将RNA和RNA结合蛋白保持在一个整体上。利用化学试剂如甲醛进行 RNA 和 RNA 结合蛋白的交联。这一步骤的目的是为了在后续实验中保持 RNA 和 RNA 结合蛋白的稳定结合。 2. 免疫沉淀:使用特异性抗体对 RNA ...
RIP的实验原理和CHIP类似，是利用某一蛋白的抗体，将目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，经过分离纯化就可以捕获和目标蛋白互作的RNA分子，再对捕获的RNA进行定量RT-PCR或高通量测序（RIP-Seq）方法来进行鉴定。RIP实验当前已经衍生出很多方法，可以主要分为两大类，自然沉淀法（Native methods）和交联RNA...