RNA免疫共沉淀—RIP-seq(RNA Immunoprecipititation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物(RBP)沉淀下来,分离纯化捕获的RNA,结合高通量测序技术对目标RNA进行测序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA,RIP-seq即对富集得到的...
RNA免疫共沉淀—RIP-seq(RNA Immunoprecipititation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物(RBP)沉淀下来,分离纯化捕获的RNA,结合高通量测序技术对目标RNA进行测序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA,RIP-seq即对富集得到的...
云序生物经过多年的经验积累,自研开发了商业化的 Genseq RIP 试剂盒,为 RIP 实验的成功率和稳定性保驾护航。云序生物实验室也承接 RIP-seq 以及 RIP-qPCR 业务,提供从样品处理,文库制备,上机测序到数据分析的一站式技术服务,助力复旦大学医学院、上海交通大学医学院、中科院上海植物生理生态研究所、华南农业大学动物...
1、 实验简介 RIP(RNA结合蛋白免疫沉淀)是研究体内 RNA 与蛋白结合情况的技术,主要包括RIP-qPCR和RIP-seq两种;其中RIP-qPCR用来验证与目标蛋白结合的已知RNA,RIP-seq用来筛选与目标蛋白结合的未知RNA。 2、 实验流程 3、 样品要求 1) 动物组织样品:>100mg (黄豆粒大小) 2) 细胞样品:>4*107 3) 植物组织>5g...
RIP-seq服务优势*辉骏生物 1 十年服务经验,客户成果发表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上,售后技术支持将一直保持到客户发表文章。 2 对围绕RNA结合蛋白开展的整体课题提供全方位指导,包括上下游实验设计和结合蛋白的多方法验证等。 3
RNA纯化实验方法: 1.制备蛋白酶K缓冲液。每个免疫沉淀需要150 µL蛋白酶K缓冲液,包含117 µL RIP洗涤缓冲液,15 µL 10% SDS,18 µL 10 mg/mL蛋白酶K。 2.在150µL的蛋白酶K缓冲液中重新悬浮第三节第8步中的每个免疫沉淀。 3.将第三节第4步的input样品解冻,在试管中加入107 µL RIP洗涤...
RIP-seq实验中的阳性对照和阴性对照是什么?1. 阳性对照:一般用anti-RNA polymerase II抗体,因为RNA polymerase II是通用转录因子,在所有细胞中都能结合基因的核心启动子区,因此理论上,ChIP后PCR会有条带。一般阳性对照不进行测序。2. 阴性对照:分为mock和input两种,二者均能起到减少假阳性的作用。mock:用普通IgG...
RNA结合蛋白研究领域的RIP-seq实验，是一种通过抗体捕获细胞内RNA与蛋白复合物的高通量测序技术。它在理解转录后调控网络动态中扮演着关键角色，主要应用于研究RNA与蛋白的相互作用，包括非编码RNA如LncRNA、miRNA等。以下是RIP-seq实验的基本分析流程和两个案例分享。实验流程包括前期准备，如提供基因组信息...
RIPSeeker: 用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计R包 RIPSeeker使用具有负二项分布概率的双态HMM(two-state HMM with negative binomial emission probability)从RIP-Seq比对中推断和区分RIP峰值。虽然RIPSeeker是专门为RIP-seq数据分析量身定做的,但它也提供了一套集成在这个独立软件包中的生物信息学工具,全面...
虽然RIP-seq实验和ChIP-seq以及RNA-seq有着相似之处，但是RIP-seq有一个最根本不同的目标，就是发现目的结合蛋白相关的转录本。如上图所示，展示了3种不同模式下的比较。在ChIP-seq中，目的蛋白结合的双链DNA被抗体拉下来，然后进行高通量测序。由于reads通常短于双链DNA片段，测序数据会显示出一个...