CLIP-seq,也称为HITS-CLIP,是一种在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是利用紫外照射使RNA分子与RNA结合蛋白发生耦联,然后使用特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀,回收其中的RNA片段。经过添加接头、RT-PCR等步骤进行高通量测序,再通过生物信息学的分析和处理,揭示RNA结合蛋白与RNA...
Fig. 1 Genome-wide binding of CBFB and hnRNPK to mRNAs. RIP-seq of FLAG-CBFB UV Cross-linking and Immunoprecipitation (CLIP-seq) 技术简介 紫外交联免疫沉淀(UV cross-linking and immunoprecipitation, CLIP)用于研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,揭示其生物学功能。主要原理是基于RNA分子与...
长非编码RNA和蛋白相互作用注释标准 第2部分:RIP-seq和CLIP-seq的数据分析方法.docx,ICS 35.240.80 C07 团体标准 T/CHIA 42.2-2023 长非编码RNA 和蛋白相互作用注释标准 第2部分:RIP-seq和CLIP-seq的数据分析方法 Specifications for interaction between long non-cod
1. RIP-Seq 在解释各种 ncRNA(例如 miRNA 和 lncRNA)的 RNA-RBP 相互作用网络方面具有通用性。 2. 与CLIP-Seq相比,RIP-SEQ不需要进行UV交联,操作简单,保证结果的可重复性和准确度。 3. 覆盖范围广,可在全基因组范围内筛选和鉴定蛋白质结合位点。
1. RIP-Seq is versatile in interpreting RNA-RBP interaction network with regard to various ncRNAs, such as miRNA and lncRNA. 2. Compared with CLIP-Seq, RIP-SEQ does not require conducting UV cross-linking, which makes it easy to operate and guarantee repeatable and accurate results. 3. Wit...
RIP-seq技术并不局限于miRNA与RBP(RNA结合蛋白)的传统研究,许多研究发现了lncRNA和蛋 白的互作,而lncRNA通过多种的分子机制参与到广泛的生物学过程中,RBP与lncRNA的互作网络为 lncRNA的细胞机制和疾病的发生、发展提供了新的研究线索和方向。 与CLIP-seq(紫外交联免疫沉淀结合高通量测序)相比,RIP-seq省略了紫外交...
蛋白质和RNA互作神器:RIP-seq & CLIP-seq | 环状RNA社区——CircRNA Community http://t.cn/A65igim7
在研究某个转录因子的调控机制时,可以通过ATAC-seq来识别该转录因子可能结合的开放染色质区域,然后使用ChIP-seq或CUT&Tag来精确定位该转录因子在染色体上的结合位点,最后通过RIP-seq或CLIP-seq来揭示该转录因子与RNA的相互作用。这样的研究顺序有助于逐步深入地理解转录因子的调控机制。 ATAC-seqATAC-seq是一种用于研...
RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀CHIP技术的类似应用, 蛋白结合对象是RNA,RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能够有效探究在基因范围内发现与蛋白或蛋白复合物相结合的RNA。 说完RIP-SEQ的技术原理,相信各位小伙伴对它也有了大概的了解,那在实际情况中我们该...
PAR-CLIP（Photoactivatable-ribonucleoside-enhanced cross-linking and immunoprecipitation）克服了大多数CLIP方法交联效果较低的问题，通过使用光反应核苷类似物标记细胞，实现了更高效和准确的RNA交联。这种方法已被成功应用于多个RBPS和RNPs的RNA靶标的研究。iCLIP（individual-nucleotide resolution UV cross-...