该研究采用了吉赛生物的RIP试剂盒，通过anti-FUBP1或anti-IgG抗体对MCF-7细胞裂解液进行RIP检测，随后运用RT-PCR和qRT-PCR技术对circACTN4的富集程度进行深入分析。在生物实验的领域里，成功的秘诀往往在于充分的准备、严谨的操作以及良好的心态。与钓鱼的道理相似，RIP实验的成功也是可以通过遵循一系列的步骤和细节来...
qRT-PCR结果显示circNUP50在OC铂耐药组织和细胞中过表达。 mRNA-seq数据中circNUP50相关基因的异常表达与细胞色素P450药物代谢、铂耐药和MAPK激活调控密切相关。circNUP50的表达与生物过程和MAPK和p53信号通路中的正细胞周期调控相关。我们评估了来自OC组织和si-circNUP50-SKOV3/DDP细胞的mRNA-seq数据,并鉴定了三种铂...
7、结合RNA效率验证(PCR和qPCR) mRNA/lnc RNA qPCR 阴性对照基因为 GAPDH 或β-actin,miRNA qPCR 阴性对照基因为 U6。 8、结合RNA 类型分析 高通量测序技术检测 RNA 类型。 因不同蛋白结合的 RNA 量以及不同公司对 RNA 样品测序浓度和总量的要求不同,如果浓度和总量未达到测序要求,可以根据测序要求量提高实验...
4️⃣ RIP实验完成后得到的是RNA序列,如何进行后续检测? 常见的检测方法是real time qRT-PCR。如果对照的目的是保证两个样品间加入的细胞量一致或进行定量,可以使用input作为判别,计算不同样品上样量的差异。如果对照的目的是看IgG及目的抗体富集的非特异性mRNA的量,可以找一个确定不会与目的抗体结合的RNA片段设...
MeRIP实验步骤: 提取总RNA:首先提取细胞中的总RNA。 抗体拉RNA:用修饰抗体拉取特定RNA。 清洗Beads:用NT2 buffer清洗beads,并进行后续操作。 提取RNA:提取beads上的RNA,并进行测序或qRT-PCR验证。这两种实验方法都需要在低温条件下进行,并添加RNase Inhibitor和蛋白酶抑制剂,以确保实验结果的准确性。0...
常见的用real time qRT-PCR。如果对照的目的是保证两个样品间加入的细胞量一致或者进行定量,理论上说,使用input作为判别,计算不同样品上样量的差异。如果对照的目的是为了看IgG以及目的抗体富集的非特异性mRNA的量的话,那么可以找一个确定不会与目的抗体结合的RNA片段设计primer...
之后，通过分离RNA片段并运用qRT-PCR或RNA测序（RNA-seq）进行进一步鉴定。RIP实验中的抗体选择与优化 RIP实验的关键在于抗体的质量与使用。抗体的用量会受到其纯化状态和亲和力等多种因素的影响。当使用纯化抗体时，通常建议每次免疫沉淀操作中加入5μg作为参考量。若选用非Merck Millipore RIPAb+验证的抗体，则需根据...
常见的用real time qRT-PCR。如果对照的目的是保证两个样品间加入的细胞量一致或者进行定量,理论上说,使用input作为判别,计算不同样品上样量的差异。如果对照的目的是为了看IgG以及目的抗体富集的非特异性mRNA的量的话,那么可以找一个确定不会与目的抗体结合的RNA片段设计primer进行qPCR,用来看IgG以及目的抗体拉下来...
RIP的实验原理: RIP 运用针对目标蛋白的抗体沉淀相应的 RNA-蛋白复合物,经过RNA分离纯化,然后逆转录或 构建 cDNA 文库,最后利用基因特异性分析技术(PCR、qRT-PCR)或高通量分析技术(高通量测序、基因芯片),分析结合在复合物上的 RNA 类型及数量。 RIP 可应用于的研究领域包括: ...
常见的用Real time qRT-PCR。如果对照的目的是保证两个样品间加入的细胞量一致或者进行定量,理论上说,使用input作为判别,计算不同样品上样量的差异。如果对照的目的是为了看IgG以及目的抗体富集的非特异性mRNA的量的话,那么可以找一个确定不会与目的抗体结合的RNA片段设计primer进行qPCR,用来看IgG以及目的抗体拉下来...