RepeatMasker是重复序列检测的常用工具,通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列,属于同源预测注释的方式。RepeatMasker是基因组重复序列检测的常用工具。一般依赖于已有的重复序列参考库Repbase作同源预测。对于绝大部分目标真核物种,都收录在Repbase中。有时候Repbase注释重复区的效果不是很好,这种情...
将miniconda3/lib/python3.8/site-packages/目录下的h5py文件夹复制到RepeatMasker文件夹下,再次perl./configure,最后提示如下: 虽然有黄色的cannot提示,先接着往下运行,运行时报错: 运行命令:RepeatMasker -nolow -no_is -norna -parallel 4 -lib /home/ /RepeatMasker/Libraries/RepeatMasker.lib canu_removedup.fa...
RepeatMasker是一种生物信息学工具,用于识别DNA序列中的重复序列(也称为转座子或转座元件)。重复序列是基因组中常见的特征,它们在进化过程中可以发生扩增、移动和重组,对基因组的结构和功能有重要影响。RepeatMasker通过比对已知的重复序列数据库来识别新序列中的重复元件,并对它们进行注释和掩码(masking),以便于后续的基...
一、第一部分, 安装 RepeatMasker 01、安装TRF、github地址:https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF tar -xzvf TRF-4.09.1.tar.gz ./configure make make install 02、安装rmblast tar -xzvf rmblast-2.14.0+-x64-linux.tar.gz cd rmblast-2.14.0/cd bin/(base) [root@pc1 bin]# ./rmblastn##...
RepeatMasker(一)——安装及使用-CSDN博客 RepeatMasker安装和使用经验(自用)-CSDN博客 一、安装 RepeatMasker Home Page 这个网址很重要,可以找到软件的下载地址 1. RMBlast安装 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.14.1/ncbi-blast-2.14.1+-src.tar.gz ...
RepeatMasker是重复序列检测的常用工具,通过与数据库相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列,属于同源预测注释的方式,依赖于RepBase数据库和第三方比对软件(RMBlast、Crossmatch、HMMER、ABBlast),是重复序列注释的重要软件。 二.安装: 首先是官网: http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker/ ...
3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库 后记 1.conda安装 conda安装虽然简单,但还是有很多坑,而且很多都是隐形的坑。 # conda install -c bioconda repeatmaskercondainstall-cbiocondarepeatmodeler repeatmodeler依赖于repeatmasker,因此其实你只要安装repeatmodeler就好。其中rep...
常用工具分享009-RepeatModeler + RepeatMasker 常用工具分享009-RepeatModeler + RepeatMasker 今天给大家分享的软件是RepeatModeler + RepeatMasker，作为基因组注释第一步的重复序列屏蔽，RepeatModeler和RepeatMasker两款软件可以很好的达到我们所需要求与结果，接下来让我为大家简单介绍。软件下载安装RepeatMasker安装#需...
RepeatMasker软件用于查找基因组上的重复序列,默认情况下,会将重复序列原有的碱基用N代替,从而达到标记重复序列的目的。除此之外,也可以采用将重复序列转换为小写或者直接去除的方式,来标记重复序列。 该软件将输入的DNA序列与Dfam和Repbase数据库中已知的重复序列进行比对,从而识别输入序列中的重复序列。在比对时,支持以...
将miniconda3/lib/python3.8/site-packages/目录下的h5py文件夹复制到RepeatMasker文件夹下,再次perl./configure,最后提示如下: 虽然有黄色的cannot提示,先接着往下运行,运行时报错: 运行命令:RepeatMasker -nolow -no_is -norna -parallel 4 -lib /home/ /RepeatMasker/Libraries/RepeatMasker.lib canu_removedup.fa...