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一、第一部分, 安装 RepeatMasker 01、安装TRF、github地址:https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF tar -xzvf TRF-4.09.1.tar.gz ./configure make make install 02、安装rmblast tar -xzvf rmblast-2.14.0+-x64-linux.tar.gz cd rmblast-2.14.0/cd bin/(base) [root@pc1 bin]# ./rmblastn##...
https://github.com/oushujun/EDTA/issues/231 文献Ref4:22年NG上荔枝基因组的注释更简单,只注释了LTR区域。 Ref5:22年NG上甘蔗基因组: 作者利用了de novo 和 homology的策略,首先用RepeatModeler做de novo预测,RepeatMasker做homology,最终由RepeatMasker确定类型和统计。
构建数据库BuildDatablase –name db –engine ncbi sample.fa二、构建librarynohup RepeatModeler -pa 10 -database ncbi -LTRStruct >& run.out &三、结果文件 ·consensi.fa:与自身比对找到的一致性序列 ·consensi.classified:重复序列的分类结果 ·consensi.fa.masked:屏蔽后的重复序列，通...
https://github.com/oushujun/EDTA/issues/231 文献Ref4:22年NG上荔枝基因组的注释更简单,只注释了LTR区域。 Ref5:22年NG上甘蔗基因组: 作者利用了de novo 和 homology的策略,首先用RepeatModeler做de novo预测,RepeatMasker做homology,最终由RepeatMasker确定类型和统计。
找了一圈,GitHub上提了issue:RepeatProteinMask error in LIBDIR location #41 ,有位大佬解决了这个问题,那就是将RepeatProteinMask程序的192行中的LIBDIR_DIR替换为LIBDIR。 my$LIBDIR = $config->{'LIBDIR_DIR'}->{'value'}#改为my$LIBDIR = $config->{'LIBDIR'}->{'value'} ...
找了一圈,GitHub上提了issue:RepeatProteinMask error in LIBDIR location #41 ,有位大佬解决了这个问题,那就是将RepeatProteinMask程序的192行中的LIBDIR_DIR替换为LIBDIR。 my $LIBDIR = $config->{'LIBDIR_DIR'}->{'value'} ...
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github.com/oushujun/EDT 文献Ref4:22年NG上荔枝基因组的注释更简单,只注释了LTR区域。 Ref5:22年NG上甘蔗基因组: 作者利用了de novo 和 homology的策略,首先用RepeatModeler做de novo预测,RepeatMasker做homology,最终由RepeatMasker确定类型和统计。 RepeatModeler补充说明:从头预测transposable element (TE)的软件,它...
#从https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF/releases/download/v4.09.1/trf409.legacylinux64 下载trf409.legacylinux64复制到trf下 cp trf409.legacylinux64 ./trf # 测试有帮助信息即可用 trf # 这部分也是参考https://blog.csdn.net/qq_43368987/article/details/124399673,但是后边好像并未用到这个 ...