RepeatMasker是一款用于识别和屏蔽基因组中重复序列的生物信息学工具。在Linux系统下安装RepeatMasker需要遵循以下步骤: 1. 下载RepeatMasker 首先,需要从RepeatMasker的官方网站下载最新版本的软件包。访问RepeatMasker的官方网站并下载最新版本的RepeatMasker。 2. 安装依赖工具 RepeatMasker依赖于多个外部工具,如RMBlast、HMMER和TR...
说明RepeatMasker的安装就是有问题的。Libraries下完整的文件应该包含: Artefacts.embl Dfam.hmm RepeatAnnotationData.pm RepeatMasker.lib.nin RepeatPeps.libRepeatPeps.lib.psq CONS-Dfam_3.0README.meta RepeatMasker.libRepeatMasker.lib.nsq RepeatPeps.lib.phr RepeatPeps.readme Dfam.embl RMRBMeta.embl RepeatMasker...
将解压出来的:RMRBSeqs.embl和README.RMRBSeqs文件放到RepeatMasker/Libraries目录下; 4.h5py python模块,pip3不是pip,因为用pip3进行安装时报了错,就用conda install h5py安装在miniconda3/lib/python3.8/site-packages/目录下(后面证实安装错误)。 然后正式开始安装RepeatMasker: tar -zxvf RepeatMasker-4.1.2-p1....
在bashrc中输入export PATH=$PATH:/xxxx/soft/RepeatMasker source ~/.bashrc RepeatMasker -h #运行检查 安装完成。 二、使用 1、查询物种 python famdb.py -i /xxxx/soft/RepeatMasker/Libraries/famdb/ names 'Saccharum' #查询数据库中有无你需要的物种,或者近缘物种也行,用拉丁名来查询 2、使用 RepeatMaske...
一、第一部分, 安装 RepeatMasker 01、安装TRF、github地址:https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF tar -xzvf TRF-4.09.1.tar.gz ./configure make make install 02、安装rmblast tar -xzvf rmblast-2.14.0+-x64-linux.tar.gz cd rmblast-2.14.0/cd bin/(base) [root@pc1 bin]# ./rmblastn##...
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释,并分类统计的软件,几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。 之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用 》,阅读近7000次。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目...
5. 配置RepeatMasker依赖关系 # 默认perl, repatmasker, trf安装位置正确的就一路回车,搜索引挚选择2 RMBlast,输入RMBlast安装目录/usr/local/rmblast/bin,再选5 done完成;例如我刚才编绎最新版安装目录:/usr/local/rmblast/bin;如果新版安装失败的,下载的旧版预编辑 安装目录为:/usr/local/rmblast-2.2.28/bin./...
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别的软件，几乎用于所有物种。是做基因组、非编码RNA的必备软件。很多ncRNA与Repeat区有高度相关性。安装在Ubuntu 12.04上，时间为2013-4-7，所有相关软件和数据库全为最新版。1. RMBlast序列搜索引擎 1 sudo apt-get install g++ #安装g++编译器 2 tar...
请问我下载安装了本地版RepeatMasker,运行的时候运行不了，是哪里可能出了问题？
RepeatMasker的工作流程通常包括以下几个步骤: 准备重复序列数据库:RepeatMasker需要一个已知的重复序列数据库,通常使用RepBase或其他公共数据库。这个数据库包含了已知的重复序列的序列信息和注释。 基因组序列比对:RepeatMasker将待分析的基因组序列与重复序列数据库进行比对。它使用一种称为Smith-Waterman算法的局部序列比对...