@文心快码h5ad转rds 文心快码 要将.h5ad 文件转换为 .rds 文件,你可以使用 sceasy 这个R包。sceasy 是一个帮助不同单细胞数据格式间相互转换的工具。以下是详细的步骤: 了解h5ad和rds的文件格式及特点: .h5ad:这是一种基于HDF5的文件格式,由AnnData库使用,用于存储单细胞RNA测序数据。 .rds:这是一种R...
outFile='filename.h5ad') AnnData to Seurat sceasy::convertFormat(h5ad_file, from="anndata", to="seurat", outFile='filename.rds') Seurat to SingleCellExperiment sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="sce", outFile='filename.rds') SingleCellExperiment to AnnData sceasy::...
第一步 Rstudio上Seurat读取并转为loom文件 library(Seurat)file<-readRDS('main.rds')main.loom<-as.loom(x=file,filename="/DATA01/home/usr/data/NS/0624/main.loom",verbose=FALSE)write.csv(main@meta.data,'/DATA01/home/usr/data/NS/0624/mian.csv')#细胞一定要写成csv文件啊,后续就不用再标注...
用R的需求:处理特殊格式需求,rds转化为h5ad格式,就可以用python的scanpy读入了安装包前先改源:这个改源方法还挺简单方便的 文件格式转换rds → sec → seurat → h5ad 这里太费劲了对小白来说 #读入seurat处理…
sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="anndata", outFile='filename.h5ad') AnnData to Seurat sceasy::convertFormat(h5ad_file, from="anndata", to="seurat",outFile='filename.rds') Seurat to SingleCellExperiment sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="sce...
sceasy::convertFormat('../data/citeseq.h5ad', from="anndata", to="seurat", outFile='citeseq.rds') 下面是sceasy的github仓库 cellgeni/sceasy: A package to help convert different single-cell data formats to each other (github.com) 其他格式转换 Seurat to AnnData sceasy::convertFormat(seura...