sceasy 是一个专注于简化不同单细胞数据格式之间相互转换的R包。在单细胞测序数据分析的领域中,处理来自不同平台或不同分析流程的数据格式是一个常见的挑战。sceasy 的设计目标之一就是减少这些转换过程中的复杂性和时间成本。 将单细胞数据转换为 AnnData 格式是 sceasy 提供的一个重要功能。AnnData(Annotated Data...
sceasy 是一个帮助不同单细胞数据格式间相互转换的工具。以下是详细的步骤: 了解h5ad和rds的文件格式及特点: .h5ad:这是一种基于HDF5的文件格式,由AnnData库使用,用于存储单细胞RNA测序数据。 .rds:这是一种R数据存储格式,通常用于保存R语言中的任意对象,与Seurat库兼容。 安装sceasy包: 你可以通过以下代码...
sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="anndata", outFile='filename.h5ad') AnnData to Seurat sceasy::convertFormat(h5ad_file, from="anndata", to="seurat", outFile='filename.rds') Seurat to SingleCellExperiment sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="sce...
sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="anndata", outFile='filename.h5ad') AnnData to Seurat sceasy::convertFormat(h5ad_file, from="anndata", to="seurat", outFile='filename.rds') Seurat to SingleCellExperiment sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="sce...