首先明确单细胞组学中两种语言的不同文件形式,python分析主要使用scanpy,R分析则集中于Seurat,其中scanpy的文件格式为h5ad,Seurat文件格式为rds或rData。 Seurat文件转换成h5ad文件相对简单,有现成的包SeuratDisk。 #Rlibrary('Seurat')library('SeuratDisk')#读取Seurat文件data_R<-readRDS('data_dir')SaveH5Seurat(...
# h5ad转为Seurat sceasy::convertFormat(obj = "scRNA.h5ad", from="anndata",to="seurat", outFile = 'scRNA.rds') # X -> counts # An object of class Seurat # 28269 features across 44651 samples within 1 assay # Active assay: RNA (28269 features, 0 variable features) # 2 layers pre...
# h5ad转为Seurat sceasy::convertFormat(obj = "scRNA.h5ad", from="anndata",to="seurat", outFile = 'scRNA.rds') # X -> counts # An object of class Seurat # 28269 features across 44651 samples within 1 assay # Active assay: RNA (28269 features, 0 variable features) # 2 layers pre...
h5ad是python的Scanpy读取文件格式,对其进行格式转换,并得到.h5seurat格式的文件 > Convert("./data/integrated/morse_n_adams_n_bal_scvi_patient.id_227086_400_revision.h5ad", "h5seurat", + overwrite = FALSE,assay = "RNA") Warning: Unknown file type: h5ad Creating h5Seurat file for version 3.1...
_NMF/')# devtools::install_github("cellgeni/sceasy")library(sceasy)library(reticulate)use_condaenv('sceasy')loompy <- reticulate::import('loompy')uterus <- readRDS("~/data_analysis/Gene_NMF/uterus.rds")sceasy::convertFormat(uterus, from="seurat", to="anndata", outFile='uterus.h5ad'...
时间:2019-11-14工具 :Python3.7.3Tkinter详情:图片转素描画工具''',justify=LEFT).grid(row=0,column=0,columnspan=2,rowspan=1,stick=NW)Label(self.page,text="图片路径").grid(row=3,column=0,sticky=W,pady=5)self.dir_info=Entry(self.page,textvariable=self.path)self.dir_info.grid(row=3,...
# 3.2 使用readr包中的read_rds()函数读取.RDS文件内容 data <- read_rds(file = filepath) # 3.3 查看数据内容 print(data) ### 4.Seurat数据转换h5格式文件保存 SaveH5Seurat(data, filename = "HCC1.h5Seurat") Convert("HCC1.h5Seurat", dest = "h5ad") ...
动作配合式活体检测:给出指定动作要求,用户需配合完成,通过实时检测用户眼睛,嘴巴,头部姿态的状态,来判断是否是活体。 H5视频活体检测:用户上传一个现场录制的视频,录制时读出随机分配的语音校验码。然后通过分析这个视频的人脸信息以及语音校验码是否匹配,完成活体检测判断。
python作为胶水语言,几乎没有不能做的事情,但个人一直觉得在GUI开发方面,python可以算作是短板了,为什么?因为性能…python的性能问题,往往出现在其他编程语言对其的鄙夷中。但不管如何python在GUI编程上,也是有大量优秀模块的。 1 .tkinter 也许有些人不知道这个模块,但如果你安装python后,使用过自带的IDLE,那么你就应...
Python已经包含了常见的数据处理包(如numpy,pandas),如果需要使用其它依赖包(需要适配于版本python 2.7),可以下载对应包并在压缩后上传S3,然后通过CREATE LIBRARY创建自定义包库,Redshift在后台会把需要安装的包会先放在本地路径(如/rdsdbdata/user_lib/),然后解压到内部依赖包路径(/rdsdbbin/opt/redshift/lib/...