一、简介 二、读取分子 1.读取SMILES/SMARTS 2.读取.sdf 3.读取.mol 4.读取.mol2 5.读取其他格式 三、输出分子 1.输出SMILES/SMARTS 2.输出.sdf 3.输出.mol 4.读取其他格式 四、分子可视化 1.单个展示 2.批量展示 3.3D展示一、简介让计算机识别分子结构是计算化学码农的必备技能,也是对分子进行后续...
RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),Corina mol2和蛋白质数据库(PDB)。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析程序(REC...
Chem import Draw, rdDepictor, rdMolDescriptors import warnings warnings.filterwarnings("ignore") 载入数据 #Load SMILES df = pd.read_csv('data.csv') SMILES = df['CAN_SMILES'].values SMILES转numpy # convert to array SMILES = np.asarray(SMILES) SMILES_train, SMILES_test = train_test_...
SMILES转换为RDKit分子对象 data.dtypes Mol_ID object SMILES_parent object Name object dtype: object PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(data,'SMILES_parent','Molecule',includeFingerprints=True) print([str(x) for x in data.columns]) ['Mol_ID', 'SMILES_parent', 'Name', 'Molecule'] data.dt...
def mol_with_atom_index(mol): for atom in mol.GetAtoms(): atom.SetAtomMapNum(atom.GetIdx()) return mol smiles2png 这个函数通过给定的smiles,保存为名为filename的图片。我在这个函数中包含了 Gasteiger 电荷的计算,读者可以把 ComputeGasteigerCharges 替换为其他描述符或标签。 def smiles2png(smiles...
2用含两个羧基的化合物与甲胺反应,对应着两种匹配的方式,会产生两个反应结果。>>> double = Chem.MolFromSmiles('C(COC(=O)O)C(=O)O') >>> reacts = (double, Chem.MolFromSmiles('NC')) >>> ps = rxn.RunReactants(reacts) >>> print(len(ps)) 2 >>> Chem.Draw.MolsToGridImage([x...
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A collection of MolStandardize improvements (rdkit#4118) May 19, 2021 Docs Fixes rdkit#4842: support $ for quadruple bonds in SMILES and SMARTS (r… Jan 5, 2022 External Remove unnecessary mutex in InChI wrapper (rdkit#4680) Nov 10, 2021 Projects Remove a bunch of Python2-rel...
defmake_structural_image(self,batch_size=10):whileTrue:foriinrange(len(self.X_input)):# SConvertSMILESto mol mol=Chem.MolFromSmiles(self.X_input[i],sanitize=True)ifnot mol is None:# mol file is None # Calculate 2D coordinates rdDepictor.Compute2DCoords(mol)# CalcMolWtMW=Chem.rdMolDe...
加载数据,rdkit的mol对象将转换为图对象 使用标准原子特征化器来完成任务。模块中使用的函数与deepchem相同。 用DGL构建图对象很容易。只需调用mol_to_complete_graph函数。当然,也可以对SMILE字符串使用smiles_to_complete_graph函数。 代码语言:javascript