>>> m = Chem.MolFromMolFile('data/chiral.mol') #从mol文件中读取单个分子 >>> Chem.MolToSmiles(m) #把mol格式转换成smiles格式 'C[C@H](O)c1ccccc1' >>> Chem.MolToSmiles(m,isomericSmiles=False) #MolToSmiles可以设置两个参数:isomericSmiles代表有立体异构的smiles编码 'CC(O)c1ccccc1' 请注...
rdkit.Chem.rdmolops.ReplaceCore()返回单个分子中的侧链。这可以使用rdkit.Chem.rdmolops.GetMolFrags()分成单独的分子。 >>> rs = Chem.GetMolFrags(tmp,asMols=True) >>> len(rs) 2 >>> Chem.MolToSmiles(rs[0]) '[1*]CCO' >>> Chem.MolToSmiles(rs[1]) '[5*]C(=O)O' Murcko分解 RD...
一、简介 二、读取分子 1.读取SMILES/SMARTS 2.读取.sdf 3.读取.mol 4.读取.mol2 5.读取其他格式 三、输出分子 1.输出SMILES/SMARTS 2.输出.sdf 3.输出.mol 4.读取其他格式 四、分子可视化 1.单个展示 2.批量展示 3.3D展示一、简介让计算机识别分子结构是计算化学码农的必备技能,也是对分子进行后续...
RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),Corina mol2和蛋白质数据库(PDB)。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析程序(REC...
实际尝试一下反应。准备要反应的Mol对象和反应模式后,执行RunReactant(Reaction SMARTS) 导入库 from rdkitimportrdBase,Chem from rdkit.ChemimportAllChem,Draw 准备反应模式 reactant_1=Chem.MolFromSmiles('O=C-C1=CC=CC=C1') reactant_2=Chem.MolFromSmiles('CCO[Si](OCC)(OCC)C=C') ...
mol2 = Chem.MolFromSmiles('CCCO') # In[3]: fp1 = MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol) # In[4]: print (fp1.ToBitString()) # out[4]: 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001010000000000000001000100000010011001000000000000000000000000000010001010100101100000 ...
实际尝试一下反应。准备要反应的Mol对象和反应模式后,执行RunReactant(Reaction SMARTS) 导入库 代码语言:javascript 复制 from rdkitimportrdBase,Chem from rdkit.ChemimportAllChem,Draw 准备反应模式 代码语言:javascript 复制 reactant_1=Chem.MolFromSmiles('O=C-C1=CC=CC=C1')reactant_2=Chem.MolFromSmiles...
#解释这个SMARTS,第一个反应物限制:[C:1](=[O:2])-[OD1],羧基,侧链为(=[O:2]),O双键与C相连,第二个反应物限制:[N:3],基团带N原子 Draw.ReactionToImage(rxn) #画出反应式 pr = rxn.RunReactants((Chem.MolFromSmiles('CC(=O)O'),Chem.MolFromSmiles('NC'))) ...
mol_B = Chem.MolFromSmiles(smiles_B) ``` 然后,我们需要为这两个分子生成分子指纹。在RDKit中,可以使用Morgan指纹作为常见的分子指纹方法: ```python fp_A = AllChem.GetMorganFingerprint(mol_A, 2) # 生成半径为2的Morgan指纹 fp_B = AllChem.GetMorganFingerprint(mol_B, 2) ``` 步骤三:相似度计...
通过RDKit，通过特定步骤可以生成高分子均聚物二聚体的分子结构。以下是生成过程的步骤概述：首先，理解单体（monomer）和均聚物（homopolymer）的概念，均聚物由单一单体组成。二聚体则是两个单体结合的结构。在RDKit中，生成二聚体的关键是操作分子的邻接矩阵，而非直接拼接SMILES字符串。具体步骤如下：...