RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),Corina mol2和蛋白质数据库(PDB)。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析程序(REC...
一、简介 二、读取分子 1.读取SMILES/SMARTS 2.读取.sdf 3.读取.mol 4.读取.mol2 5.读取其他格式 三、输出分子 1.输出SMILES/SMARTS 2.输出.sdf 3.输出.mol 4.读取其他格式 四、分子可视化 1.单个展示 2.批量展示 3.3D展示一、简介让计算机识别分子结构是计算化学码农的必备技能,也是对分子进行后续...
rdkit.Chem.rdmolops.ReplaceCore()返回单个分子中的侧链。这可以使用rdkit.Chem.rdmolops.GetMolFrags()分成单独的分子。 >>> rs = Chem.GetMolFrags(tmp,asMols=True) >>> len(rs) 2 >>> Chem.MolToSmiles(rs[0]) '[1*]CCO' >>> Chem.MolToSmiles(rs[1]) '[5*]C(=O)O' Murcko分解 RD...
SMILES转换为RDKit分子对象 data.dtypes Mol_ID object SMILES_parent object Name object dtype: object PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(data,'SMILES_parent','Molecule',includeFingerprints=True) print([str(x) for x in data.columns]) ['Mol_ID', 'SMILES_parent', 'Name', 'Molecule'] data.dt...
MolFromSmiles("C1CCCCCC1")] >>> res1 = rdFMCS.FindMCS(mols) >>> print(res1.numAtoms) 7 >>> res2 = rdFMCS.FindMCS(mols, ringMatchesRingOnly=True) >>> print(res2.numAtoms) 4 >>> mols += [res1.queryMol, res2.queryMol] >>> Draw.MolsToGridImage(mols) 5 7.complete...
实际尝试一下反应。准备要反应的Mol对象和反应模式后,执行RunReactant(Reaction SMARTS) 导入库 from rdkitimportrdBase,Chem from rdkit.ChemimportAllChem,Draw 准备反应模式 reactant_1=Chem.MolFromSmiles('O=C-C1=CC=CC=C1') reactant_2=Chem.MolFromSmiles('CCO[Si](OCC)(OCC)C=C') ...
看到QQ群的小伙伴讨论反应式作图时,是把smiles反应式粘贴进chemdraw里面,但chemdraw不能简洁方便地显示原子编号,而且复制粘贴太麻烦,不能批量操作。实际上,rdkit提供了从smiles转化成反应式的测试代码,生成的是svg图,我加了点代码让svg图显示在jupyter notebook中,所以特此发帖,供大家参考。项目在https://www.kesci...
实际尝试一下反应。准备要反应的Mol对象和反应模式后,执行RunReactant(Reaction SMARTS) 导入库 代码语言:javascript 复制 from rdkitimportrdBase,Chem from rdkit.ChemimportAllChem,Draw 准备反应模式 代码语言:javascript 复制 reactant_1=Chem.MolFromSmiles('O=C-C1=CC=CC=C1')reactant_2=Chem.MolFromSmiles...
通过RDKit，通过特定步骤可以生成高分子均聚物二聚体的分子结构。以下是生成过程的步骤概述：首先，理解单体（monomer）和均聚物（homopolymer）的概念，均聚物由单一单体组成。二聚体则是两个单体结合的结构。在RDKit中，生成二聚体的关键是操作分子的邻接矩阵，而非直接拼接SMILES字符串。具体步骤如下：...
RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),mol2和蛋白质结构文件(PDB);子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;三维维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析...