EuRBPDB还整合了837个交联免疫沉淀(CLIP)序列(CLIP-seq)数据集,使用户能够分析RBPs的RNA靶标。尽管数据库和其他数据库取得了进步,但仍然严重缺乏探索RBP功能所需的关键信息。例如,尽管已经报道了许多RBPs,但这些数据库中大多数RBPs的RNA...
iRIP-seq(Improved RIP-seq)是生命之美公司自主开发用于研究RBPs的新技术,将Clip-seq技术中的紫外交联(UV-crosslinking)和MNase酶切实验加入到传统RIP技术中,同时用CLIP-seq数据分析流程获得RBP结合的peaks和Motif信息。该技术既实现了Clip-seq的精准度,准确获得RNA和蛋白质的结合位点,又保留了RIP-seq 简单性。 图...
在作者团队之前的研究中,ChRBP gawky是胁迫诱导转录过程中的特异性调控因子。为了阐释gawky调控与被调控的完整通路,在本研究中,作者通过CLIP-Seq及分子生物学实验,鉴定出一类铜胁迫过程中与ChRBP gawky特异性结合且富含金属响应元件的circRNA(metal-responsive element-containing circRNA, MRE circRNA)。circRNA-Seq及核质...
新型CLIP技术让RBP-RNA互作研究化繁为简 紫外交联免疫共沉淀(CLIP)是一种用于研究RNA结合蛋白(RNA bindingprotein, RBP)-RNA互作关系的技术。通过将此技术与高通量测序(CLIP-Seq)结合,可以在全转录组范围内鉴定出特定RBP-RNA互作网络,对于RNA转录后调控研究意义非凡。 CLIP技术首先利用紫外照射将RBP与RNA耦联,再使用...
2022年8月4日,清华大学杨雪瑞团队在Genome Biology上在线发表题为“Survey of the binding preferences of RNA-binding proteins to RNA editing events”的研究论文,该研究利用ENCODE项目的RNA-seq和RBP eCLIP-seq数据集,定量调查了150个R...
Due to the little RNA yield obtained after cross-linking, immunoprecipitation, polyacrylamide gel electrophoresis, membrane transfer, and RNA extraction, CLIP-seq is usually performed from relatively large amounts of starting material, like cell lysates or tissue homogenates. However, RBP binding of ...
PrismNet集成了实验的体内RNA结构数据和匹配细胞的RBP结合数据,以准确预测各种细胞条件下的动态RBP结合。团队测试了168个RBP,结果均证明了的PrismNet在用于了解CLIP-seq结果,以及广泛扩展此类相互作用数据以准确分析其他细胞类型上的实用性。 研究团队表示,PrismNet采用一种“注意力”策略来计算识别确切的RBP结合核苷酸。通...
seCLIP-seq发现了STAT3这个转录因子与NORAD lncRNA的直接相互作用 摘要: 胚胎干细胞的自我更新和细胞命运决定被广泛的分子信号所驱动。尽管已经有很多研究探讨了人胚胎干细胞(hESCs,下同)中的转录调节因子,RNA结合蛋白(RBP,下同)对于人的多能性的作用还不清楚。所以作者通过蛋白组学筛选发现了hESCs中的810个结合RNA的...
However, these CLIP-seq data still cannot provide the full view of the RBP binding landscape, it is because CLIP-seq relies on gene expression which can be highly variable between experiments. But these big data can serve as training data for machine learning models to predict missing RBP ...
Shiny App for the visualisation of RBP-RNA interactions supported by the binding sites of RBPs derived from CLIP-seq data (ENCORI database). clip-seqggplotrbpshinyapprbp-rna UpdatedMar 15, 2024 R Online attendance checker with nfc cards. ...