EuRBPDB还整合了837个交联免疫沉淀(CLIP)序列(CLIP-seq)数据集,使用户能够分析RBPs的RNA靶标。尽管数据库和其他数据库取得了进步,但仍然严重缺乏探索RBP功能所需的关键信息。例如,尽管已经报道了许多RBPs,但这些数据库中大多数RBPs的RNA...
https://circinteractome.nia.nih.gov/index.html 数据库构建的流程示意如下 从circbase获取环状RNA基因组位置信息,通过UCSC提取环状RNA的序列,利用环状RNA头尾相连构成的junction reads,查询CLIP等数据分析结果,得到环状RNA与RBP蛋白的结合信息,设计验证环状RNA的PCR引物,查询siRNA位点;利用环状RNA全长序列,查询RBP结合位...