ggtree是ggplot2的拓展包,它不仅能画进化树,而且还能对进化树进行丰富多彩的美化和添加多组数据或元素。使用ggtree给可以轻松给10分以上的文章画进化树。 一、安装 R地址:Bioconductor - ggtree github地址:https://github.com/YuLab-SMU/ggtree R# 在linux中进入Rif(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE)...
gra=ggtree(tree,aes(col=Phylum),layout="circular",size=0.1)%<+%map+# 树型、线粗细、末端颜色 + 注释信息geom_tippoint(aes(color=Phylum),size=0.1)+# 端点颜色、大小geom_tiplab(aes(label=NA,col=NA),size=0.8)+# 注释、注释的颜色theme(legend.title=element_text(face="bold"),legend.position...
new.tree<-groupOTU(tree,groupInfo) ggtree(new.tree,aes(color=group))+ scale_color_manual(values = c("red","gray"))+ ggnewscale::new_scale_color()+ geom_tiplab(aes(color=group,alpha=group), size=10,offset = -2,hjust=0.5)+ geom_tippoint(aes(shape=group,color=group,alpha=group),...
library(treeio) tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile", node.label = "support") 使用ggtree进行可视化展示 ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ xlim(NA,0.8) 读入已经准备好打算替换内容 df<-read.csv("pra.csv",header=T) 替换内容 df<-read.csv("pra.csv",header=T) tree1<-tree...
R语言里circlize这个包应该可以实现,最近在学习ggtreeExtra,对应的论文里有一个图 image.png 最内圈基本是一样的,实现这个内圈的函数是ggtree包的geom_taxalink()函数,这里我用4.0.3版本的R和2.4.1版本的ggtree会遇到报错Error in numnotnull("fontsize") : object '.pt' not found,暂时不知道是什么原因,我安...
ggtree(tree,size=2)+geom_tiplab(offset=0.05,font=“italic”)+xlim(NA,4.5) 思路:替换,将下划线替换成空格 使用stringr包,str_place()里面的参数分别是:替换前内容A,需要替换的细节b,替换的那个东西c(将A中的b替换成c)===将标签中的下划线替换成空格 ...
代码语言:javascript 复制 mafft otus_0.01.fa>otus_0.01_aligend.fa iqtree-s otus_0.01_aligend.fa 最基本的进化树展示 代码语言:javascript 复制 library(ggtree)library(treeio)tree<-read.tree("data/20220626/otus_0.01_aligend.fa.treefile")ggtree(tree)+geom_tiplab(align=TRUE)+xlim(NA,2) ...
ggtree (https://guangchuangyu./software/ggtree/)是香港大学余光创博士编写的R程序包。ggtree是ggplot2程序包的扩展 (http://www./),能够像ggplot2一样,用图层化的语法绘制进化树。这与APE用参数控制绘图明显不同。与ggplot2一样,在ggtree中,通过不同的图层组合即可绘制出更为复杂的图形。
1. 打开R(或RStudio) 安装完R语言和RStudio后,打开R(或RStudio)。 2. 安装ggtree包 在R(或RStudio)的命令行中输入以下代码,并执行: install.packages("ggtree") 1. 这行代码会从CRAN(Comprehensive R Archive Network)服务器上下载ggtree包的最新版本,并安装到你的计算机上。
说真的,每次安装ggtree是最让我崩溃的,永远不可能一次完成。这次是这个依赖包问题,下次就会是另一个...