# 1. 树的主体,层级树的感觉(把branch.length忽略了,所有的tip在一个位置),打开角度为180,灰色树枝 p=ggtree(tree,layout = "fan",open.angle = 180,branch.length = "none",size=0.2,color="grey") p 1. 2. 3. # 2. 内圈注释,给部分clade加上不同Phylum的背景颜色 p1=p+geom_highlight(data =...
R语言ggtree画进化树并给树枝映射颜色 小明的数据分析笔记本 4074 1 R语言的ggtree包画圆形的树状图展示聚类分析的结果~数据代码可在小明的数据分析笔记本公众号留言获得 小明的数据分析笔记本 1.9万 32 跟着Nature学作图:R语言pheatmap包做热图并添加文本标注 小明的数据分析笔记本 1.5万 7 R语言ggtree可视化展示进...
首先是读取nwk格式的进化树文件 读取nwk格式的进化树文件需要用到treeio这个包中的read.newick()函数 代码语言:javascript 复制 library(treeio)tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile",node.label="support") 现在进化树的所有信息都存储在了tree这个变量里 接下来是对进化树进行可视化展示 最基...
除此以外,还有某些进化上时间的关系,这个时候就需要一个标准,一个已知进化时间的外群,或者已知进化时间的样本,就可以根据这个标准的时间,去计算其他样本的进化时间。 ggtree的实操 第一步,当然是要等得到树文件,进化树也大致分为两种,一种是聚类树,根据样本之间的相关性计算距离,根据距离矩阵,算出聚类数。
这段代码会生成一个基础的进化树,每个物种在树的末端都有标签。 示例2:进化树上添加注释 ggtree支持在进化树上添加多种注释,比如高亮某些分支、添加图形标记等。 ggtree(tree)+geom_tiplab()+geom_highlight(node=5,fill="lightblue")+# 高亮显示编号为5的节点geom_nodelab(aes(label=node),nudge_x=0.5)# ...
R包-ggtreeExtra绘制进化树 ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了,ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。为了扩展ggtree在点和布局中的系统发育树的外环上呈现相关数据,开发的ggtreeExtra包提供了一个函数,geom_fruit用于将图形与树对齐,相关图表将在树的外部面板的不同位置对齐。还开发geom_frui...
读入进化树 tree1<-read.tree("Nature/Nature_tree_1.nwk") 展示 ggtree(tree1)+ geom_tiplab()+ xlim(NA,4.5) 接下来简单美化 去掉拉丁名中的下划线 拉丁名改为斜体 加粗线 ggtree(tree1,size=2)+ geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")), ...
tree文件和绘图mapping文件来源:Phylophlan(三)将新物种插入进化树 一、ggtree画树状图:长方型、加对齐线 关键参数: %<+% map # 引入注释文件 layout="rectangular" # 长方型树状图 align=TRUE # 添加对齐虚线 col=Phylum # 以Phylum给虚线着色 legend.position="bottom" # legend至于底部 ...
是R语言里对进化树进行可视化展示的一个功能非常强大的R包,ggtree的作者还专门写了一本书对ggtree的用法进行了详细的介绍,相关链接是 https://yulab-smu.top/treedata-book/。最新版的ggtree还可以接受R语言里层次聚类分析的结果,画聚类树展示结果,非...
ggtree (https://guangchuangyu./software/ggtree/)是香港大学余光创博士编写的R程序包。ggtree是ggplot2程序包的扩展 (http://www./),能够像ggplot2一样,用图层化的语法绘制进化树。这与APE用参数控制绘图明显不同。与ggplot2一样,在ggtree中,通过不同的图层组合即可绘制出更为复杂的图形。