ggtree(tree)+geom_tiplab()+geom_highlight(node=5,fill="lightblue")+# 高亮显示编号为5的节点geom_nodelab(aes(label=node),nudge_x=0.5)# 在节点旁添加节点编号 这段代码在基础进化树的基础上,高亮了编号为5的节点,并在每个节点旁边添加了节点编号。 示例3:绘制圈状图 library("ggplot2")library("ggtr...
image.png 最内圈基本是一样的,实现这个内圈的函数是ggtree包的geom_taxalink()函数,这里我用4.0.3版本的R和2.4.1版本的ggtree会遇到报错Error in numnotnull("fontsize") : object '.pt' not found,暂时不知道是什么原因,我安装了4.1.0版本的R和3.0.2版本的ggtree就没有这个报错 下面介绍代码 首先是自己...
ggtree(tree) + geom_treescale(x = 0, y = 12, width = 1, color = 'red') # x和y控制进化距离注释信息的位置,color控制颜色 ggtree(tree) + theme_tree2() # theme_tree2()在x轴上展示进化距离 图8 geom_treescale()显示进化距离 5.2.2 显示节点 树的节点可以通过geom_nodepoint()、geom_tip...
image.png 最内圈基本是一样的,实现这个内圈的函数是ggtree包的geom_taxalink()函数,这里我用4.0.3版本的R和2.4.1版本的ggtree会遇到报错 Error in numnotnull("fontsize") : object '.pt' not found,暂时不知道是什么原因,我安装了4.1.0版本的R和3.0...
代码语言:javascript 复制 mafft otus_0.01.fa>otus_0.01_aligend.fa iqtree-s otus_0.01_aligend.fa 最基本的进化树展示 代码语言:javascript 复制 library(ggtree)library(treeio)tree<-read.tree("data/20220626/otus_0.01_aligend.fa.treefile")ggtree(tree)+geom_tiplab(align=TRUE)+xlim(NA,2) ...
ggtree(tree1)+ geom_tiplab()+xlim(NA,4.5) image.png 接下来简单美化 去掉拉丁名中的下划线 拉丁名改为斜体 加粗线 ggtree(tree1,size=2)+ geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")), offset = 0.05, font="italic")+ xlim(NA,4.5) ...
ggtree(new.tree,aes(color=group))+ scale_color_manual(values = c("red","gray"))+ ggnewscale::new_scale_color()+ geom_tiplab(aes(color=group,alpha=group), size=10,offset = -2,hjust=0.5)+ geom_tippoint(aes(shape=group,color=group,alpha=group), ...
library(ggtree) 1. 如果一切顺利,您将看到一个提示消息,说明ggtree包已成功加载。 使用ggtree创建树状图 现在我们已经安装并加载了ggtree包,让我们来看看如何使用它创建树状图。首先,我们需要一个用于可视化的数据集。 在这个示例中,我们将使用一个名为“iris”的经典数据集。这个数据集包含了150个鸢尾花的测量数据...
R语言的ggtree包画圆形的树状图展示聚类分析的结果~数据代码可在小明的数据分析笔记本公众号留言获得 小明的数据分析笔记本 1.9万 32 跟着Nature学作图:R语言pheatmap包做热图并添加文本标注 小明的数据分析笔记本 1.5万 7 R语言ggtree可视化展示进化树的一个简单小例子~示例数据代码直接在公众号后台留言20210605获取 ...
2. ggtree可视化进化树 2.1 安装ggtree包 借助于BiocManager::install("ggtree") llibrary(ggtree) tree<-read.tree("nature/nature_tree_1.nwk")#读取进化树 2.2 绘制简单的树 ggtree(tree)+geom_tiplab() 2.3 图形超出边界的情况xlim() theme_tree2() 显示横轴的范围 ...