可以首先加上theme_tree2()函数显示出坐标轴范围,然后用xlim()函数更改坐标轴范围 ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ theme_tree2() image.png ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ theme_tree2()+xlim(NA,0.8) image.png 添加标尺 ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ theme_tree2()+ xlim(NA,0.8)+ geom_treescale...
ggtree(tree)+geom_tiplab()+theme_tree2()+xlim(NA,0.8)+geom_treescale(x=0.7,y=30,color="red") 这里遇到一个问题:geom_treescale()函数如果设置width参数,标尺就显示不出来,不知道是什么原因 更改树的布局 这里布局的参数就不一一介绍了,可以参考 https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter4.html...
geom_tiplab(size=3, align=TRUE) + theme_tree2() pp <- (p + scale_y_continuous(expand=c(0, 0.3))) %>% gheatmap(genotype, offset=4, width=0.5, colnames=FALSE) %>% scale_x_ggtree() pp + theme(legend.position='right') 进化树和序列比对图的组合 进化树同样展示了序列的进化关系、...
可以首先加上theme_tree2()函数显示出坐标轴范围,然后用xlim()函数更改坐标轴范围 ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ theme_tree2() 1. 2. 3. image.png ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ theme_tree2()+ xlim(NA,0.8) 1. 2. 3. 4. image.png 添加标尺 ggtree(tree)...
ggtree(r8s, branch.length='TREE', mrsd='2014-01-01') + theme_tree2() ggtree(get.tree(r8s), aes(color=.id)) + facet_wrap(~.id, scales='free_x') ### 读取RAxML生成的bootstrap文件并绘制进化树 raxml_file <- system.file('extdata/RAxML', 'RAxML_bipartitionsBranchLabels.H3', packag...
2. 在上面的代码中,theme_tree2()函数中的参数0.2表示将树的大小调整为原始大小的20%。你可以根据需要调整这个参数来修改树的大小。 现在,你已经学会了如何在R语言中使用ggtree调整树的大小。希望这篇文章对你有所帮助! 总结 通过本文,你学习了如何在R语言中使用ggtree包来绘制树,并调整树的大小。首先,我们准备...
借助于BiocManager::install("ggtree") llibrary(ggtree) tree<-read.tree("nature/nature_tree_1.nwk")#读取进化树 2.2 绘制简单的树 ggtree(tree)+geom_tiplab() 2.3 图形超出边界的情况xlim() theme_tree2() 显示横轴的范围 ggtree(tree)+geom_tiplab()+xlim() ...
ggtree(tree)+ geom_tiplab(align = TRUE, fontface=3)+ geom_tippoint(aes(color=groupinfo), show.legend = F, size=5)+ scale_color_manual(values = c('group1'='#df237b', 'group2'='#11926a'))+ xlim(0,3)-> p1 p1 image.png ...
#theme_tree2()+ layout_dendrogram() p3 p1%>% insert_left(p2,width = 0.2)%>% insert_top(p3,height = 0.2) 这里多了一个知识点是ggtree作图默认开口树的方向是向右,如果需要把开口改成向下,需要加上layout_dendrogram()函数 最终的结果如下 ...
# 绘制树p1 <- ggtree(tree_df, layout = "roundrect") +geom_tree() +geom_tippoint(aes(label = label, color = Group), size = 1) +theme(legend.position = "none") +annotate("text", x = max(tree$edge.length) * 0.5, y = -3,label = file, size = 2, vjust = -1) ...