可以首先加上theme_tree2()函数显示出坐标轴范围,然后用xlim()函数更改坐标轴范围 ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ theme_tree2() image.png ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ theme_tree2()+xlim(NA,0.8) image.png 添加标尺 ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ theme_tree2()+ xlim(NA,0.8)+ geom_treescale...
ggtree(tree)+geom_tiplab()+theme_tree2()+xlim(NA,0.8)+geom_treescale(x=0.7,y=30,color="red")+#geom_text(aes(label=node))+geom_highlight(node=35,fill="red") 代码语言:javascript 复制 ggtree(tree)+geom_tiplab()+theme_tree2()+xlim(NA,0.8)+geom_treescale(x=0.7,y=30,color="red"...
beast_tree <- read.beast(beast_file) genotype_file <- system.file('examples/Genotype2.txt', package='ggtree') genotype <- read.table(genotype_file, sep='\t', stringsAsFactor=F) p <- ggtree(beast_tree, mrsd='2013-01-01') + geom_tiplab(size=3, align=TRUE) + theme_tree2() pp ...
ggplot2)library(ggtree)set.seed(2015-11-26)tree <- rtree(30)ggplot(tree, aes(x, y)) + geom_tree()ggtree函数是ggplot() + geom_tree() + xlab(NA) + ylab(NA) + theme_tree()的简单组合。ggtree(tree)想要加tip.label,⽤geom_tiplab图层,并且ggplot2的图层都可以直接应⽤于ggtree。
ggtree(tree)+ geom_tiplab() 1. 2. image.png 从上图可以看到有的文字标签超出了绘图边界 可以首先加上theme_tree2()函数显示出坐标轴范围,然后用xlim()函数更改坐标轴范围 ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ theme_tree2() ...
ggtree(r8s, branch.length='TREE', mrsd='2014-01-01') + theme_tree2() ggtree(get.tree(r8s), aes(color=.id)) + facet_wrap(~.id, scales='free_x') ### 读取RAxML生成的bootstrap文件并绘制进化树 raxml_file <- system.file('extdata/RAxML', 'RAxML_bipartitionsBranchLabels.H3', packag...
在上面的代码中,theme_tree2()函数中的参数0.2表示将树的大小调整为原始大小的20%。你可以根据需要调整这个参数来修改树的大小。 现在,你已经学会了如何在R语言中使用ggtree调整树的大小。希望这篇文章对你有所帮助! 总结 通过本文,你学习了如何在R语言中使用ggtree包来绘制树,并调整树的大小。首先,我们准备了树...
# 圆形(线型)gra=ggtree(tree,layout="circular",size=0.1)%<+%map+# 树型、线粗细、末端颜色 + 注释信息geom_tiplab(aes(label=NA,col=Phylum),hjust=2,align=TRUE,linesize=0.1)+# 注释、颜色、高度、对其、虚点大小theme(legend.title=element_text(face="bold"),legend.position="bottom",legend.box...
tree.names = NULL, # 如果要读取多棵树,则是一个模式字符向量,它为各个树命名;如果为NULL(默认值),则将这些树命名为tree1、tree2…… skip = 0, # 在开始读取数据之前要跳过的输入文件行数(这将直接传递给scan()) comment.char = "", # 单个字符,忽略此字符后的剩余行(直接传递给scan()) ...
ggtree(tree)+ geom_tiplab(align = TRUE, fontface=3)+ geom_tippoint(aes(color=groupinfo), show.legend = F, size=5)+ scale_color_manual(values = c('group1'='#df237b', 'group2'='#11926a'))+ xlim(0,3)-> p1 p1 image.png ...