qc.dir <- system.file("fastqc_results", package = "fastqcr") qc.dir # [1] "C:/Users/MJ/Documents/R/win-library/3.3/fastqcr/fastqc_results" 查看文件夹中文件 list.files(qc.dir) #[1] "A1.R2.clean_fastqc.zip" "A1_R1.clean_fastqc.zip" "A2.R1.clean_fastqc.zip" #[4] "A2....
有一个函数是fastqc 可以指定fastq文件所在的文件夹,指定输出文件夹,指定fastqc软件的安装位置,就可以自动挑选输入文件夹下的所有fastq文件,然后运行fastqc 还可以将单个的fastqc的结果整合到一起 multiqc这个软件也有这个功能
URL https://rpkgs.datanovia.com/fastqcr/index.html BugReports https://github.com/kassambara/fastqcr/issues RoxygenNote7.2.3 Collate'utilities.R''fastqc.R''fastqc_install.R''qc_aggregate.R''qc_plot.R''qc_plot_collection.R''qc_problems.R''qc_read.R''qc_read_collection.R''qc_report....
Installing r-fastqcr from the conda-forge channel can be achieved by adding conda-forge to your channels with: conda config --add channels conda-forge conda config --set channel_priority strict Once the conda-forge channel has been enabled, r-fastqcr can be installed with conda: conda inst...
qc_read():读取FastQC数据到R种 qc_plot():绘制FastQC数据 5)生成单样品和多样品QC报告 qc_report():创建一个HTML文件,其中包含一个或多个文件的FastQC报告。 输入可以是包含多个FastQC报告的目录,也可以是单个样本FastQC报告。 安装加载 ## 两种方式# Craninstall.packages("fastqcr")# Githubif(!require(devt...
In the example below, we’ll use a demo FastQC output directory available in the fastqcr package. library(fastqcr)#Demo QC dirqc.dir<-system.file("fastqc_results",package="fastqcr")qc.dir#[1] "/Users/kassambara/Library/R/3.6/library/fastqcr/fastqc_results"#List of files in the direct...
fastqcr 0.1.3 Reference QC Reports News Aggregate FastQC Reports for Multiple SamplesSource: R/qc_aggregate.R Aggregate multiple FastQC reports into a data frame.qc_aggregate(qc.dir = ".", progressbar = TRUE) # S3 method for qc_aggregate ...
Source:R/qc_report.R Create an HTML file containing FastQC reports of one or multiple files. Inputs can be either a directory containing multiple FastQC reports or a single sample FastQC report. qc_report(qc.path,result.file,experiment=NULL,interpret=FALSE,template=NULL,preview=TRUE) ...
仿写fastqc软件的一些功能(下) 文件来自于上面perl代码的输出文件,好像算法有点问题,26G的文件居然处理近一个小时才出数据! R语言本身自带的画图工具都很丑,懒得说了,可以用ggplot2来重新画一个,不是项目要求没有报酬我就懒得画了,大家面前看看画图原理即可。
是指在Snakemake工作流中使用fastqc工具进行质量控制分析。Snakemake是一个基于Python的工作流管理系统,用于构建和运行可重复的数据分析流程。 fastqc是一个用于快速检查测...