首先,将SeuratObject转换为一个AnnData对象,这是scanpy和scvi-tools使用的主要格式。 adata <- convertFormat(pbmc, from="seurat", to="anndata",main_layer="counts",drop_single_values=FALSE)adata 接着,使用与调用实例函数相同的方式访问AnnData对象,使用$语法。 adata$obs...
conda instal r-seurat # r-seurat-4.0.5 # r-seuratobject-4.0.3 依赖和数据 library("Seurat")library("stringr")men=read.table("=cells_rawcount.txt",sep="\t",header=T,row.names=1) 过滤cell & gene ## Filter ### # r-seurat-4.0.5 # r-seuratobject-4.0.3 # 1 删除稀有基因,> 0.1...
CreateSeuratObject: 使用 Seurat 包中的函数,基于给定的转录组数据创建一个 Seurat 对象。Seurat 是一个用于单细胞转录组分析的流行 R 包。 整个流程的目的是将原始的单细胞转录组数据读取、存储、转换,并最终创建一个 Seurat 对象,以便进行后续的单细胞分析。比如可以简单的看看一些基因的表达量情况: VlnPlot(brain...
创建Seurat对象 创建Seurat对象,保存原始counts信息,meta.data每个细胞的注释信息,meta.features每个基因的注释信息,umap信息用于绘图。 对原始counts取log和标准化以便后续结果可视化和其他计算 srt <- Seurat::CreateSeuratObject( counts=adata$T$layers['counts'], assay = "RNA", meta.data = adata$obs ) srt[...
创建Seurat对象 创建Seurat对象,保存原始counts信息,meta.data每个细胞的注释信息,meta.features每个基因的注释信息,umap信息用于绘图。 对原始counts取log和标准化以便后续结果可视化和其他计算 srt <- Seurat::CreateSeuratObject( counts=adata$T$layers['counts'], ...
#Attaching SeuratObject >packageVersion("Seurat") #[1] '4.0.1’ #shell里面用conda装Seurat成功。R4.0里面Seurat是4.0.1版的。 3.4 RStudio Server调用conda装的R包 #在网页版Rstudio左下角Console输 file.edit('~/.Rprofile') #左上角打开一个.Rprofile编写界面,将下面的内容黏贴进去保存并退出 ...
pancreas <- CreateSeuratObject(pancreas.data, meta.data = metadata) #注意这个和其他的情况是不一样的,这里只有metadata的标注信息的 #之前的数据集只是传入count matrix,而并没有同时传入meta.data # 标准化数据(Filter cells省略了,这个影响不大)
创建Seurat对象 创建Seurat对象,保存原始counts信息,meta.data每个细胞的注释信息,meta.features每个基因的注释信息,umap信息用于绘图。 对原始counts取log和标准化以便后续结果可视化和其他计算 srt <- Seurat::CreateSeuratObject( counts=adata$T$layers['counts'], ...
CreateSeuratObject: 使用 Seurat 包中的函数,基于给定的转录组数据创建一个 Seurat 对象。Seurat 是一个用于单细胞转录组分析的流行 R 包。 整个流程的目的是将原始的单细胞转录组数据读取、存储、转换,并最终创建一个 Seurat 对象,以便进行后续的单细胞分析。比如可以简单的看看一些基因的表达量情况: ...
安装Seurat时,我直接使用R进行安装,发现所选择的镜像似乎都不能正常安装,无奈采用 conda install -c r package-name的方式进行安装。 seurat的安装方式是conda install -c conda-forge r-seurat 该方法速度很快哦,比R的交互界面安装包速度大概提升了10倍~当然,这个数字也得看个人网络问题。