一、Cellranger功能 Function of Cellranger Cellranger包主要功能是将公司测序并经过初步处理产生的fastq数据转化成为可读入R语言Seurat包的outs文件夹,主要是filtered_feature_bc_matrix文件夹,里面具体包括barcodes.tsv.gz;features.tsv.gz以及matrix.mtx.gz三个文件。 二、开发者信息 Developer information CellRanger ...
@para input_data: 输入文件的路径,在这面小伙伴们既可以使用小云为大家准备好的cellranger的矩阵结果,也可以是非cellranger的普通计数矩阵,都是兼容的哦 @para genelist: 在这里如果小伙伴们有属于自己的一套与细胞对应的marker列表也可以使用向量的形式进行添加哦,小白没有的话,也没有关系,作者为大家准备好了一...
cellranger1.1.0 class7.3-15 cli1.1.0 clipr0.6.0 叢集2.0.7-1 codetools0.2-16 colorspace1.4-1 compiler3.5.1 crayon1.3.4 curl3.3 data.table1.12.2 datasets3.5.1 DBI1.0.0 dbplyr1.4.1 digest0.6.19 dplyr0.7.6 e10711.7-2 evaluate0.14 ...
(4)10× Genomics进行cellranger后的输出形式是什么样的? AI检测代码解析 Outputs: - Run summary HTML: /home/jdoe/runs/sample345/outs/web_summary.html - Run summary CSV: /home/jdoe/runs/sample345/outs/metrics_summary.csv - All-contig FASTA: /home/jdoe/runs/sample345/outs/all_contig.fasta...
cellranger 1.1.0 https://cran.r-project.org/web/packages/cellranger/index.html ChainLadder 0.2.5 https://cran.r-project.org/web/packages/ChainLadder/index.html changepoint 2.2.2 https://cran.r-project.org/web/packages/changepoint/index.html checkmate 1.8.5 https://cran.r-project.org/web...
利用CellRanger 的映射结果(BAM 格式)和基因注释信息,通过转录计数工具(比如 dropEst)生成计数矩阵。 通过伪映射技术,用工具如 kallisto 生成外显子和内含子计数矩阵。 在这个例子中,DS1 的计数矩阵是用 dropEst 生成的。 首先,需要在 R 中加载经过预处理的 DS1 Seurat 对象,以及对应的外显子和内含子计数矩阵。
而数据具体表示什么意思什么地方有句号什么地方有分号这个对于TCP底层来说并不清楚。应用层向TCP层发送用于网间传输的、用8位字节表示的数据流，然后TCP把数据流分区成适当长度的报文段，之后TCP把结果包传给IP层，由它来通过网络将包传送给接收端实体的TCP层。
cellranger 1.1.0 2016-07-27 [1] CRAN (R 4.3.0) cli 3.6.2 2023-12-11 [1] CRAN (R 4.3.0) colorspace 2.1-0 2023-01-23 [1] CRAN (R 4.3.0) devtools 2.4.5 2022-10-11 [1] CRAN (R 4.3.0) digest 0.6.34 2024-01-11 [1] CRAN (R 4.3.0) ...
1.数据导入 Seurat中的Read10x函数可以直接读取Cell Ranger流程的输出，返回UMI计数矩阵。接着创造一个Seu...
对于来自10× Genomics平台的数据，所有这些步骤可以使用Cell Ranger软件（17）进行操作。计数矩阵被产生后...