ChIP-seq和DRIP-seq在本研究中的作用 DRIP-seq(DNA-RNA免疫沉淀测序)和ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)是两种关键的高通通量测序技术,分别用于研究R-loop的形成和组蛋白修饰的分布, DRIP-seq和ChIP-seq在本研究中共同揭示了AMPK缺失如何通过H3K4me3的异常沉积导致R-loop的形成,进而引发基因组不稳定性。 DRIP-seq专注...
R-loop 测序(DRIPc-seq) 简介 R-loop 测序分析优势 实验流程 结果展示 R-loop是由转录的RNA链与打开的双链DNA其中一条模板链发生碱基互补配对,形成RNA-DNA杂合链,同时使未配对的另一条DNA链游离在外组成的三方结构 。它们分布广泛,占哺乳动物基因组的 5% 。R-loop经常出现在基因组的启动子和转录终止位点, ...
CNS新热点:R-Loop 转录调控的主动参与者! —— 全新推出DRIP-Seq,把握R-Loop研究的新方向! R -loop是由转录的RNA链与打开的双链DNA其中一条链发生碱基互补配对,形成RNA-DNA杂合链,同时使未配对的另一条DNA链游离在外组成的三方结构。R -loop分布广泛,占哺乳动物基因组的 5%,经常出现在基因组的启动子CGI和...
文章题目：TDP-43 chronic deficiency leads to dysregulation of transposable elements and gene expression by affecting R-loop and 5hmC crosstalk发表期刊：Cell Reports发表时间：2024年研究材料：神经母细胞瘤细胞（TDP-43敲低组shTDP-43，对照组 shNC）组学技术：RNA-seq、DRIP-seq、hMe-Seal（羟甲基胞嘧啶富...
易基因特异性R-loop检测整体研究方案 DRIP-seq(DNA:RNA Hybrid Immunoprecipitation Sequencing):基于S9.6抗体特异性识别RNA:DNA 杂交链,通过免疫沉淀富集R-loop区域,结合NGS测序实现全基因组覆盖。 优势: ✅ 高特异性:S9.6抗体精准捕获DNA:RNA 杂交体,避免假阳性。
下:WT或饥饿aak-1/2突变体F2后代DRIP-seq信号分布饼图,显示基因内与基因间区域分布。 基因组浏览器快照显示饥饿的AMPK突变体F2后代中R-loop信号与H3K4me3水平正相关的代表性样本。 (3)RAD-51异常积累与DNA损伤: AMPK缺失的线虫生殖细胞中,RAD-51焦点显著增加,且与R-loop共定位。这些异常的RAD-51焦点可能与R-...
易基因特异性R-loop检测整体研究方案 DRIP-seq(DNA:RNA Hybrid Immunoprecipitation Sequencing):基于S9.6抗体特异性识别RNA:DNA 杂交链,通过免疫沉淀富集R-loop区域,结合NGS测序实现全基因组覆盖。 优势: ✅ 高特异性:S9.6抗体精准捕获DNA:RNA 杂交体,避免假阳性。
DRIP-seq(DNA-RNA免疫沉淀测序):用于检测R-loop的形成和分布。 免疫荧光:检测R-loop和RAD-51(一种DNA修复蛋白)的定位。 药物处理和基因过表达:通过抑制转录延伸或过表达RNH-1(RNA酶H同源物)来研究R-loop的形成机制。 基因表达分析:通过4sU标记和qPCR验证R-loop的形成与转录活性的关系。
DRIP-seq(DNA-RNA免疫沉淀测序)和ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)是两种关键的高通通量测序技术,分别用于研究R-loop的形成和组蛋白修饰的分布, DRIP-seq和ChIP-seq在本研究中共同揭示了AMPK缺失如何通过H3K4me3的异常沉积导致R-loop的形成,进而引发基因组不稳定性。
DRIP-seq ( DNA:RNA Hybrid Immunoprecipitation Sequencing):基于S9.6抗体特异性识别RNA:DNA 杂交链,通过免疫沉淀富集R-loop区域,结合NGS测序实现全基因组覆盖。 优势: ✅ 高特异性:S9.6抗体精准捕获DNA:RNA 杂交体,避免假阳性。 ✅ 高灵敏度:高灵敏度定位全基因组R-loop分布。